Botânica
Parou de publicar cerca de 100 artigos e livros sobre botânica, a maioria sobre plantas fósseis. Ela era especialista em fetos fósseis, cycadáceas e gimnospermas.
Ela foi professora de paleobotânica na Universidade de Manchester de 1904 a 1907; foi a primeira acadêmica feminina daquela universidade. p12 Em 1910, aos 30 anos de idade, ela se tornou Fellow of University College London. Ela havia chegado ao topo da árvore. Ela não era apenas uma paleobotânica, mas era uma especialista em botânica das medidas de carvão que foram estabelecidas na Pennsylvanian (Alta Carbonífera). O carvão era a fonte de energia mais vital naquela época.
Parou de publicar sobre botânica até 1935, mas por volta de 1912 seus interesses começaram a mudar por causa de problemas em sua vida privada.
Controle de natalidade e saúde feminina
Após um casamento desastroso, Stopes tomou consciência de como muitas pessoas eram ignorantes sobre sexo, e que problemas as mulheres tinham dentro do casamento. Seus objetivos eram: melhorar a felicidade através de melhor conhecimento, e a proteção da saúde feminina através do controle das gestações que naturalmente ocorriam no casamento.
O primeiro livro de Stopes sobre planejamento familiar, Married Love: uma nova contribuição para a solução das dificuldades sexuais, 1918, foi lançado em 28 edições e mais de 150 reimpressões. Foi traduzido em 14 idiomas, e em braile. A versão em inglês vendeu mais de um milhão de cópias, e a enriqueceu.
Os efeitos sociais do livro foram tremendos. Ninguém pode dizer por que as mudanças sociais acontecem, mas as atitudes em relação ao sexo e ao casamento certamente mudaram durante sua vida. Entre a primeira edição de seu livro e a última, as mulheres da Europa e da América do Norte mudaram de quase nenhum controle de natalidade para a maioria usando o controle de natalidade. Isto ocorreu apesar da oposição da Igreja Católica e de outras forças.
Além disso, tem havido uma melhoria contínua no conhecimento sobre sexo e na atenção médica às necessidades femininas em relação ao nascimento. A disponibilidade de conhecimento sobre todos os assuntos relacionados à vida pessoal continuou a melhorar.
Mais tarde, em 1918 Stopes publicou um segundo livro, Wise Parenthood: a sequel. Em 1919 chegou uma carta às mães trabalhadoras sobre como ter filhos saudáveis e evitar o enfraquecimento da gravidez. O fluxo de livros e panfletos continuou até o final de sua vida.
A Clínica Marie Stopes
Stopes abriu a primeira clínica de planejamento familiar no Reino Unido em 61, Marlborough Road, Holloway, North London, em 17 de março de 1921. Em 1925, a Clínica das Mães mudou-se para o centro de Londres, onde permanece até hoje.
O corpo de pais das Clínicas Marie Stopes em todo o mundo é agora chamado Marie Stopes International. Ele é especialmente forte em Bangladesh e no Paquistão.