Banco de Dados de Proteína
O Banco de Dados de Proteínas (PDB) é uma coleção de informações sobre a estrutura tridimensional (3-D) de grandes moléculas biológicas, tais como proteínas e ácidos nucléicos. Biólogos e bioquímicos de todo o mundo enviam os dados. A maioria dos dados vem da cristalografia de raios X ou espectroscopia NMR. Qualquer pessoa pode acessar o PDB gratuitamente on-line. O Banco Mundial de Dados de Proteínas, wwPDB, gerencia o PDB.
O PDB é útil para os cientistas que estudam biologia estrutural e genômica estrutural. Muitos cientistas têm que enviar suas informações para o banco de dados. As principais revistas científicas e algumas agências de financiamento, como os Institutos Nacionais de Saúde dos Estados Unidos, têm regras que dizem aos cientistas para enviar os dados para o PDB. O PDB tem os dados originais ou primários. Centenas de outras bases de dados reutilizam os dados. Estas bases de dados secundárias organizam as informações de diferentes maneiras. Por exemplo, tanto SCOP quanto CATH colocam estruturas em grupos organizados por tipo de estrutura e idéias sobre como eles se relacionam através da evolução. A ontologia dos genes coloca os dados em grupos baseados em genes.
Páginas relacionadas
- Base de dados de Moções Moleculares
- O Banco Mundial de Dados de Proteína (wwPDB) - site matriz para anfitriões regionais (abaixo)
- RCSB Protein Data Bank (EUA)
- PDBe (Europa)
- PDBj (Japão)
- BMRB, Banco de Dados de Ressonância Magnética Biológica (EUA)
- Documentação do wwPDB - documentação nos formatos de arquivo PDB e PDBML
- Olhando para as estruturas - A introdução da RCSB à cristalografia
- Página inicial do PDBsum - Extrai dados de outros bancos de dados sobre estruturas do PDB.
- Base de dados de ácidos nucléicos, NDB - um espelho PDB especialmente para a busca de ácidos nucléicos
- Tutorial introdutório do PDB patrocinado pelo PDB
Perguntas e Respostas
P: O que é o Protein Data Bank (PDB)?
R: O Protein Data Bank (PDB) é uma coleção de informações sobre a estrutura tridimensional (3-D) de grandes moléculas biológicas, como proteínas e ácidos nucleicos.
P: De onde vêm os dados do PDB?
R: A maioria dos dados vem da cristalografia de raios X ou da espectroscopia NMR.
P: Quem envia os dados para o PDB?
R: Biólogos e bioquímicos de todo o mundo enviam os dados.
P: Qualquer pessoa pode acessar o PDB?
R: Sim, qualquer pessoa pode acessar o PDB gratuitamente on-line.
P: Quem gerencia o PDB?
R: O Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) gerencia o PDB.
P: Por que o PDB é útil para os cientistas?
R: O PDB é útil para cientistas que estudam biologia estrutural e genômica estrutural.
P: Quem envia suas informações para o PDB?
R: Muitos cientistas precisam enviar suas informações para o banco de dados. As principais revistas científicas e algumas agências de financiamento, como o National Institutes of Health, nos Estados Unidos, têm regras que obrigam os cientistas a enviar os dados para o PDB.
