A Baía de São Francisco é um estuário superficial e produtivo através do qual a água que drena cerca de 40% da Califórnia, fluindo nos rios Sacramento e San Joaquin das montanhas de Sierra Nevada e do Vale Central, entra no Oceano Pacífico. Tecnicamente, ambos os rios fluem para a Baía de Suisun, que ajuda a escoar através do Estreito de Carquinez para se encontrar com o rio Napa na entrada da Baía de San Pablo, que se conecta em sua extremidade sul com a Baía de San Francisco, embora todo o grupo de baías interconectadas seja freqüentemente referido como "a Baía de San Francisco".
A Baía de São Francisco fica no estado americano da Califórnia e é cercada por uma região conhecida como a Área da Baía de São Francisco, que fica perto das grandes cidades de São Francisco, Oakland e São José.
A baía cobre entre 400 [1] e 1.600 [2] milhas quadradas (1.040 a 4.160 quilômetros quadrados), dependendo de quais sub-baías (como a baía de San Pablo), estuários, pântanos, etc., estão incluídos na medição.
