O Rio San Joaquin é um dos dois maiores rios da Califórnia, nos Estados Unidos. Com 530 km de extensão, é o segundo rio mais longo da Califórnia, depois do rio Sacramento. Ele começa na Serra Nevada ocidental e corre para oeste e norte até seu final na baía de São Francisco, no delta Sacramento-San Joaquin. Sua bacia, que tem cerca de 82.879 quilômetros quadrados, contém em sua maioria terras agrícolas. O rio fornece água potável a mais de 22 milhões de cidadãos da Califórnia. Seus três maiores tributários são os rios Merced, Tuolumne e Stanislaus.
O rio já foi um dos ecossistemas fluviais mais ricos da Califórnia. Entretanto, agora mais de 97 km do rio é seco, exceto durante as enchentes, porque muita água foi levada para irrigação. De fato, abaixo da barragem de Friant, uma barragem construída nos anos 40 no rio San Joaquin, 95 por cento do fluxo do rio é seco. Grande parte do rio está poluída, destruindo a população histórica de salmão chinook, outrora o mais austral dos Estados Unidos. Pesticidas, selênio e muitos outros materiais tóxicos são transportados pelo San Joaquin até a Baía de São Francisco.
Agora, um dos maiores projetos do oeste americano foi iniciado para restaurar o rio San Joaquin. Em 13 de setembro de 2006, o Conselho de Defesa dos Recursos Naturais assinou um acordo com os usuários da barragem de Friant e o Departamento do Interior dos Estados Unidos. Este acordo restauraria o rio San Joaquin abaixo da barragem, reduzindo a poluição.



