Cristóvão Colombo viu esta ilha em 6 de dezembro de 1492 e a visitou em 14 de dezembro. Ele chamou a ilha La Tortuga, em espanhol, de "A Tartaruga", porque ela tem a forma, quando vista do mar, de uma tartaruga.
O povo espanhol não estava interessado na Ilha Tortuga porque estava tentando formar uma colônia na grande ilha Hispaniola. E assim, esta ilha ficou sem gente durante a maior parte do século XVI.
Pessoas de diferentes países europeus, principalmente da Inglaterra, vieram viver para esta ilha. Em 1625, os franceses chegaram a esta ilha vindos da ilha de Saint Kitts. Eles viviam na parte sul da ilha, onde há terras planas e tentavam cultivar algumas culturas como o tabaco. Eles também foram para a Hispaniola, que eles chamavam de la Grande Terre ("a Grande Terra") para caçar vacas e porcos selvagens e, como eles usavam uma técnica culinária Taíno com fumaça conhecida como "boucan", eles eram conhecidos como boucaniers ("buccaneers"). Eles vendiam a carne defumada e o couro (pele seca usada para fazer calçados e roupas) para aqueles navios que vinham para a ilha.
Os espanhóis tentaram tirar essas pessoas da ilha e invadiram a ilha várias vezes, mas cada vez que voltavam para a Hispaniola e a Ilha Tortuga era levada novamente. Em 1640, um engenheiro francês chamado Jean La Vasseur foi enviado para governar Tortuga. Ele construiu o Forte de Rocher [1640]. La Vasseur abriu o porto para foras-da-lei de todas as nações.
Da Ilha de Tortuga, as pessoas começaram a se mudar para a parte norte da Hispaniola, principalmente nas áreas ao redor das grandes planícies, fundando cidades como Port-de-Paix (1665), Cap-Français (1670) e Fort-Dauphin (1731). Então a Ilha Tortuga perdeu sua importância e muito poucas pessoas viveram aqui depois daqueles anos, inclusive hoje.