Entre 1503 e 1505, Nicolás de Ovando, governador espanhol da Hispaniola, fundou a cidade de Puerto Real (inglês, "Royal Port") onde se encontra a atual cidade de "Caracol", a oeste de Fort-Liberté. Mas logo esta cidade foi abandonada e o povo se mudou para o leste, fundando em 1578 uma nova cidade com o nome Taíno da região: Bayajá.
Em 1606, as pessoas que viviam nas antigas cidades espanholas de Bayajá e Yaguana tiveram, por ordem do rei espanhol, de se mudar para a parte oriental da ilha, para uma nova cidade chamada Bayaguana, combinando os dois antigos nomes.
Mais tarde, quando os franceses fundaram uma nova cidade neste lugar, chamaram-na de Fort-Dauphin em 1731, com o nome do "Dauphin" (o "Golfinho", filho do rei francês Luís XV). Quando a República Francesa foi fundada, o nome foi mudado para Fort-Liberté, em 1792. Depois que Henri Christophe tornou-se Rei Henri I do Haiti em 1811, ele renomeou a cidade de Fort-Royal. Em 1820, após a morte de Christophe, o nome foi alterado de volta para Fort Liberté.
Fortes ao redor de Fort-Liberté
Há vários fortes construídos ao redor da baía. Um importante é o Forte Dauphin, às vezes chamado Forte Saint Joseph (Santo Patrono da cidade) ou Fort Liberté. Outros fortes na região são Fort de la Bouque, Batterie de l'Anse, Fort Saint Charles e Fort Saint Frédérique.
