Wilhelm Roux (9 de junho de 1850 em Jena - 15 de setembro de 1924 em Halle) foi um zoólogo alemão, anatomista e pioneiro da embriologia experimental.
Durante dez anos trabalhou em Breslau (hoje Wroclaw), tornando-se diretor de seu próprio Instituto de Embriologia em 1879. Foi professor em Innsbruck, Áustria, de 1889-95, depois aceitou uma cátedra no Instituto Anatômico da Universidade de Halle, cargo que manteve até 1921.
A pesquisa da Roux foi baseada na noção de Entwicklungsmechanik ou mecânica de desenvolvimento. Sua metodologia era interferir no desenvolvimento de embriões e observar o resultado. As investigações de Roux foram realizadas principalmente em ovos de rãs para pesquisar as primeiras estruturas no desenvolvimento de anfíbios. Seu objetivo era mostrar os processos darwinianos em funcionamento no nível celular.
Em 1888, Roux publicou os resultados de uma série de experimentos de defeitos nos quais ele pegou 2 e 4 embriões de rã e matou metade das células de cada embrião com uma agulha quente. Ele relatou que eles cresceram até se tornarem meias-embriões e supôs que a função separada das duas células já havia sido determinada. Isto o levou a propor sua teoria do "mosaico": após algumas divisões celulares, o embrião seria como um mosaico, cada célula desempenhando seu próprio papel único em todo o desenho.
Após alguns anos, a teoria de Roux foi refutada pelos estudos de seu colega Hans Driesch e mais tarde, com mais precisão, Hans Spemann mostrou que, em geral, as conclusões de Driesch estavam corretas, mas que resultados como os de Roux podem ser obtidos após a intervenção em certos aviões. Apesar deste lapso inicial, a metodologia mecânica pioneira de Roux foi a de se mostrar mais frutífera na biologia do século 20.
Em um papel notável, Roux percebeu o significado da estrutura linear dos cromossomos. Sua divisão em duas metades longitudinais iguais assegurou que cada célula filha recebesse o mesmo complemento cromossômico. Portanto, os cromossomos eram os portadores da hereditariedade. Este foi um evento significativo na citogenética.