Sahm morreu de um enfarte do miocárdio enquanto dormia em um quarto de motel em Taos, Novo México, em 18 de novembro de 1999. Ele está enterrado no Sunset Memorial Park, em San Antonio.
Um álbum póstumo, The Return of Wayne Douglas, foi lançado em 2000. O filho de Sahm, Shawn, lidera sua própria banda Tex Mex. Eles estavam na capa da Rolling Stone em 1968, como pai e filho. O outro filho de Doug Sahm, Shandon Sahm, é o baterista dos Meat Puppets a partir de 2010.
Sahm foi nomeado no South Texas Music Walk of Fame. Em 2008, ele foi empossado no Austin Music Memorial, no primeiro grupo. Ele também recebeu o Prêmio de Presidentes da Associação Americana de Música (AMA), em 2002.
Em 2008, Austin, Texas, aprovou a nomeação de Doug Sahm Hill, em um parque próximo ao lago Lady Bird, para homenageá-lo.
Em outubro de 2012, Steve Earle tocou uma homenagem a Sahm no Festival Hardly Strictly Bluegrass no Golden Gate Park. Seu grupo tocou várias músicas de Sahm's Americana.
Um documentário, Sir Doug & the Genuine Texas Cosmic Groove, estreou no festival de música South by Southwest (SXSW). Este foi em Austin, Texas, em 19 de março de 2015.