Hillary nasceu para Percival Augustus Hillary e Gertrude Hillary, née Clark, em Auckland, Nova Zelândia, em 20 de julho de 1919. Sua família mudou-se para Tuakau (ao sul de Auckland) em 1920, depois que seu pai (que serviu em Gallipoli) havia conseguido terras lá. Seus avós foram os primeiros colonos no norte de Wairoa, em meados do século XIX, após se mudarem de Yorkshire, Inglaterra.
Hillary aprendeu na Escola Primária de Tuakau e depois na Escola de Gramática de Auckland. Ele terminou a escola primária dois anos mais cedo, mas não se saiu muito bem no ensino médio. No início, ele era menor do que os outros alunos de lá e muito tímido, então ele se sentia seguro com seus livros e muitas vezes pensava em uma vida cheia de aventuras. Todos os dias, ele andava de trem de e para o colegial, e muitas vezes usava este tempo para ler. Aprender a encaixotar o ajudou a tornar-se mais confiante. Aos 16 anos, seu interesse em escalar começou durante uma viagem escolar ao Monte Ruapehu. Embora muito alto, com 6 pés e 5 polegadas (195 cm), ele era mais forte que muitos de seus companheiros de caminhada. Ele aprendeu sobre matemática e ciência na Universidade de Auckland, e em 1939 ele completou sua primeira escalada importante, que estava atingindo o topo de uma montanha chamada Monte Ollivier. Com seu irmão Rex, Hillary tornou-se apicultor durante o verão, o que lhe permitiu fazer escaladas no inverno.