Filosofia natural
No Ocidente, a metafísica é normalmente traçada pelos filósofos naturais da Grécia antiga, onde Aristóteles sistematizou uma descrição metafísica da natureza equivalente à ciência teórica de hoje.
No século IV d.C. em Alexandria, Egito, a alquimia estava começando sua transformação em química. A visão convencional é que a alquimia estava impregnada de misticismo, e que a química não se tornou o que chamaríamos ciência até entrar no século XIX.
Ciência
No início do século XVII, Galileu introduziu à física suas experiências com objetos terrestres: o início da ciência empírica na Europa Ocidental. As leis do movimento galileu levaram ao derrube das idéias de Aristóteles, uma revolução mais ou menos completa pela ampla aceitação da física cartesiana, construída sobre a mecânica copernicana e galileu.
A física newtoniana rapidamente substituiu a física cartesiana. Isaac Newton, como outros que agora chamamos de cientistas, era conhecido como um filósofo natural. Na década de 1830, Auguste Comte criou o positivismo, a primeira filosofia moderna da ciência. Ele buscava o divórcio da ciência da religião e da metafísica.
Em 1847, o trabalho de Hermann von Helmholtz "Sobre a conservação de energia", declarou a primeira lei da termodinâmica, e tentou reduzir a fisiologia à física. Em 1859, Darwin propôs uma explicação da evolução por seleção natural. Ambas pareciam plausíveis e compatíveis com a teoria física.
Uso comum
Na década de 1860, o termo ciência (como significando algo distinto da filosofia) entrou no dicionário. Hoje, o termo metafísica geralmente se refere à discussão de aspectos da realidade que estão além da física. Particularmente entre aqueles que procuram ser científicos, o termo metafísica pode ser pejorativo em vários graus. Entretanto, os filósofos da ciência reconhecem que a ciência é impossível sem a metafísica. No mínimo, antes de iniciar a investigação empírica, é preciso ter uma ontologia. Isto porque são necessárias categorias para classificar as observações.
