No final de 1999, Jimmy Wales começou a pensar em uma enciclopédia on-line construída por voluntários. Em janeiro de 2000, ele contratou Larry Sanger para administrá-la. O projeto ficou online em 9 de março de 2000. Em novembro de 2000, apenas dois artigos completos haviam sido publicados.
Desde quando começou, a Nupedia era uma enciclopédia de conteúdo livre. Bomis, a empresa de Jimmy Wales, ia conseguir dinheiro com anúncios no site da Nupedia. No início, o projeto usava uma licença que era composta pelo País de Gales e Sanger. Mais tarde, começou a usar a licença de conteúdo aberto da Nupedia. Em janeiro de 2001, ele mudou para a Licença de Documentação Livre GNU. Isto porque Richard Stallman e a Free Software Foundation disseram que deveriam.
Também em janeiro de 2001, a Nupedia iniciou a Wikipedia. No início, não era para ser uma enciclopédia. Em vez disso, foi concebida como um projeto paralelo para permitir que as pessoas trabalhassem em artigos para a Nupedia antes de serem revisados pelos colegas. À medida que a Wikipédia foi ficando maior e atraindo novos usuários, ela começou a funcionar sem a Nupedia. Entretanto, Larry Sanger liderou primeiro a atividade na Wikipedia. Isto porque ele era o editor chefe da Nupedia.
A Wikipédia levou ao desligamento gradual da Nupedia. Jimmy Wales decidiu parar de pagar ao Sanger em dezembro de 2001. Sanger deixou então tanto a Nupedia quanto a Wikipedia. Após a saída de Sanger, a Nupedia se tornou ainda menos notada do que a Wikipedia. Como a Nupedia era cada vez menos usada, a idéia de mudar seus artigos para artigos da Wikipedia era às vezes proposta. Entretanto, isso nunca foi feito. Após o fechamento, os artigos da Nupedia foram transferidos para a Wikipedia.
