Em um golpe de Estado de outubro de 1965, o exército tomou o poder após fazer uma falsa alegação de que o assassinato de vários generais seniores foi organizado pelo Partido Comunista da Indonésia. Este foi o início da Nova Ordem de Suharto. Este governo era violentamente anticomunista. Pramoedya era o chefe da Organização Cultural Popular, um grupo literário ligado ao Partido Comunista Indonésio. Assim, o regime da Nova Ordem o chamou de comunista e inimigo do Estado. Durante a violenta purga anti-comunista em 1965-66, Pramoedya foi preso, espancado e encarcerado pelo governo de Suharto. Ele foi nomeado prisioneiro político. Seus livros foram proibidos e ele foi preso sem julgamento, primeiro em Nusa Kambangan, na costa sul de Java, e depois na colônia penal Buru, nas ilhas do leste do arquipélago indonésio. .
Ele foi proibido de escrever durante seu encarceramento na ilha de Buru. Mas ele criou sua mais conhecida série de trabalhos, o Quarteto Buru. É uma série de quatro romances de ficção histórica que falam sobre o desenvolvimento do nacionalismo indonésio. Os livros são em parte baseados em suas próprias experiências de crescimento. Os títulos em inglês dos livros são: This Earth of Mankind, Child of All Nations, Footsteps, and House of Glass. O personagem principal da série se chama Minke. Ele é um pequeno javanês real. O personagem é semelhante a um jornalista indonésio chamado Tirto Adhi Surjo. Ele era ativo no movimento nacionalista.
O quarteto inclui fortes caracteres femininos de etnia indonésia e chinesa. Os livros mostram como era difícil para essas pessoas viver sob o domínio colonial. Eles sofreram discriminação e ataques racistas. Eles lutaram pela independência política pessoal e nacional. Estes livros são típicos de grande parte da escrita de Pramoedya. Eles contam histórias pessoais e se concentram em indivíduos envolvidos com os movimentos da história de uma nação.
Pramoedya tinha feito pesquisas para os livros antes de ser enviado para o campo prisional de Buru. Quando ele foi preso, sua biblioteca foi queimada e grande parte de sua coleção e de seus primeiros escritos foram perdidos. Na ilha da colônia prisional de Buru, ele não tinha permissão nem mesmo para ter um lápis. Pramoedya pensou que alguma vez seria capaz de escrever os romances em papel. Ele contava as histórias dos romances para seus companheiros de prisão. Outros prisioneiros ouviram as histórias e então o ajudaram. Eles fizeram um trabalho extra para que Pramoedya não tivesse que trabalhar tanto. Então, finalmente, ele conseguiu escrever os romances. Os livros finais levaram seu nome, "Quarteto Buru", da prisão onde ele os criou. Eles foram coletados e publicados em inglês. Maxwell Lane os traduziu. Eles também estão em muitos outros idiomas. Em 2005, haviam sido publicados em 33 idiomas (BIWP). Muitas pessoas fora da Indonésia, apesar de que estes livros são excelentes. Eles ganharam muitos prêmios. Mas o governo indonésio proibiu a publicação na Indonésia. Assim, uma das obras literárias mais famosas da Indonésia era quase impossível de encontrar o povo do país cuja história ela abordava. Os indonésios no exterior digitalizaram cópias e as compartilharam na Internet com pessoas do interior do país.
As obras de Pramoedya sobre a Indonésia colonial reconheceram a importância do Islã como um veículo de oposição popular aos holandeses. Suas obras não são sobre religião e não têm temas religiosos claros. Ele se opôs às pessoas que usavam a religião para controlar o modo de pensar das pessoas. Algumas vezes ele escreveu negativamente sobre os religiosos piedosos.
