A cidade cresceu a partir de uma fazenda de propriedade de um ex-morador de pousada, Timothy Beard. Estava às margens do rio Molonglo. O nome original era Quinbean, que significa "águas claras".
Queanbeyan tornou-se um município em 1838. Havia cerca de 50 pessoas vivendo lá. Alguns dos importantes edifícios históricos ainda em pé foram construídos nos primeiros tempos. Vestígios de ouro foram encontrados em 1851. Havia também algumas minas de chumbo e prata. Os colonos eram frequentemente assaltados por bushrangers, incluindo John Tennant, Jacky Jacky, Frank Gardiner e Ben Hall. Em 1836, o governo construiu um posto dos Correios em Queanbeyan.
O primeiro banco foi aberto em Queanbeyan, em 19 de setembro de 1859. Este foi o Commercial Banking Company of Sydney Limited, que agora faz parte do National Australia Bank. A Era Dourada agora chamada The Queanbeyan Age foi o primeiro jornal de Queanbeyan iniciado em 1860 por John Gale. Em 1880 John James Wright, o primeiro prefeito de Queanbeyan, construiu uma casa nas margens do rio Queanbeyan. Em 1982, a casa tornou-se o Centro de Arte de Queanbeyan.
A ferrovia chegou à estação ferroviária de Queanbeyan em 1887 e se tornou a junção das linhas que iam para Canberra e Bombala. Agora há dois trens por dia, o serviço Countrylink Xplorer entre Canberra e Sydney.
Queanbeyan se tornou uma importante cidade do interior, com 16 hotéis e seis moinhos de farinha movidos a vento, água, cavalo e vapor. Canberra foi iniciada como capital nacional em 1911. Não havia hotéis, então as pessoas cruzavam a fronteira para tomar uma bebida nos hotéis de Queanbeyan. Quando o Parlamento se mudou de Melbourne para Canberra em 1926, Canberra conseguiu seu primeiro hotel.
Queanbeyan tornou-se uma cidade em 7 de julho de 1972. De 1982 a 1989, a equipe do Canberra Raiders da liga de rúgbi jogou seus jogos em casa em Queanbeyan, no Seiffert Oval.