Na tarde do dia do acidente, JA8119 já completou dois vôos de ida e volta, JL503/504 de e para Sapporo, e JL363/366 de e para Fukuoka. Às 17h17, o avião acabou de completar o vôo JL366, e estava estacionado no ponto 18 do Aeroporto Internacional de Tóquio, preparando-se para seu vôo para Osaka, JL123.
Às 18.04h, o avião começou a taxiar em direção à pista. A decolagem foi às 18h12, e o avião subiu até sua altura de cruzeiro de 24000 pés (cerca de 7300 metros). Até então, tudo estava bem.
Às 18h24, de repente, ouviu-se um barulho alto, que na verdade foi causado pela falha do anteparo de pressão. Isto causou uma descompressão explosiva. O ar saiu correndo do avião e explodiu da cauda do avião. Como todas as quatro linhas hidráulicas, que controlam o avião, estão localizadas na cauda, o avião tornou-se incontrolável. 46 segundos mais tarde, os pilotos ocuparam 7700 (o que significa que eles estão em uma emergência) e pediram para voltar ao Aeroporto Internacional de Tóquio. Entretanto, embora o controlador de tráfego aéreo tenha aprovado o avião a virar na direção de Tóquio, o avião estranhamente começou a seguir na direção noroeste. Às 18.28h, o controlador de tráfego aéreo de Tóquio pediu aos pilotos para virar à esquerda, mas recebeu a mensagem dos pilotos, "agora incontrolável". Nessa altura, o avião estava se movendo de um modo chamado movimento phugoid, subindo até perder velocidade e empatar, depois o nariz desce e ganha velocidade até que o avião seja capaz de subir novamente. O movimento phugoid se repetiu até o final do vôo.
Às 18.31h, o controlador de tráfego aéreo perguntou ao avião se ele podia pousar no Aeroporto de Nagoya, que ficava a 72 milhas (cerca de 133 km) do avião. Entretanto, os pilotos queriam retornar a Tóquio. Entre 18h35 e 18h56, os pilotos se esforçaram para controlar o avião sem a cauda. Isto falhou, pois o avião voou incontrolavelmente em direção às montanhas.
Às 18h56, a asa direita do avião atingiu um cume. O avião então voou, bateu em um segundo cume e explodiu. 520 morreram, enquanto 4 sobreviveram.
O tempo necessário para o avião cair após a falha do anteparo é de 32 minutos. O acidente foi o pior da história da aviação envolvendo a descompressão explosiva.