Origens
O Sínodo do Missouri foi iniciado por várias comunidades de luteranos alemães nos Estados Unidos. F. C. D. Wyneken trabalhou em missão em Indiana, Ohio e Michigan. Martin Stephan iniciou uma comunidade de luteranos no condado de Perry, Missouri, e St. Louis, Missouri. Wilhelm Löhe enviou missionários para Michigan e Ohio.
A imigração saxônica
No Reino da Saxônia, no século XIX, o pastor luterano Martin Stephan e muitos de seus seguidores pensaram que sua igreja seria forçada a se fundir com a igreja Reformada. Por causa disso, Stephan e entre 600 e 700 outros luteranos saxões deixaram a Alemanha para se mudarem para os Estados Unidos em novembro de 1838. Eles tinham cinco navios.
Seus navios chegaram entre 31 de dezembro de 1838 e 20 de janeiro de 1839, em Nova Orleans. Um navio foi perdido no mar. Posteriormente, eles se estabeleceram no Condado de Perry, Missouri. No início, Stephan era o bispo. Mais tarde, outros membros disseram que Stephan era corrupto e um fornicador, então ele foi expulso. Isto fez de C. F. W. Walther o novo líder.
Os missionários da Löhe
Em 1842, um pastor alemão chamado Wilhelm Löhe começou a enviar missionários para a América. Eles iniciaram congregações em Ohio, Michigan, e Indiana.
Fundação e anos iniciais
Em 1844 e 1845, os três grupos listados acima (os saxões, os missionários Löhe e Wyneken) começaram a falar sobre o início de um sínodo. Em 26 de abril de 1847, doze pastores se reuniram em Chicago, Illinois, e iniciaram oficialmente o Sínodo Evangélico Luterano Alemão do Missouri, Ohio e Outros Estados. Walther foi o primeiro presidente.
O sínodo era conservador. Löhe partiu porque discordou de algumas de suas doutrinas.
A Conferência Sinodal
Em 1857 e 1872, o LCMS entrou em comunhão com outros cinco sínodos conservadores luteranos. Esses grupos formaram a Conferência Evangélica Luterana Sinodal da América do Norte.
Transição do inglês
Durante os trinta anos após seu início, o Sínodo Missouri se concentrou nos luteranos de língua alemã. Em 1872, os membros do Sínodo do Missouri, juntamente com outros três sínodos, iniciaram a "Conferência Evangélica Luterana Inglesa do Missouri". Este grupo concentrou-se nos falantes de língua inglesa. Tornou-se um sínodo independente em 1888 e fundiu-se com o LCMS em 1911.
O inglês tornou-se mais comum no LCMS durante as duas primeiras décadas do século 20. Alguns churrascos abandonaram todos os serviços alemães.
Pós-WWWII
Em 1947, o sínodo encurtou seu nome para "O Sínodo Igreja Luterana-Missouri". Em 1964, a Igreja Evangélica Luterana Nacional, uma igreja luterana historicamente finlandesa-americana, fundiu-se com o LCMS. Em 1971, o Sínodo das Igrejas Evangélicas Luteranas, uma igreja historicamente eslovaco-americana, fundiu-se com o LCMS.
A Conferência Sinodal foi interrompida em 1963. Seis anos mais tarde, o LCMS formou o Conselho Luterano nos Estados Unidos da América (LCUSA) com vários outros sínodos luteranos. Estes foram moderados e liberais. Depois disso, o LCMS começou a se tornar mais conservador novamente.
Alguns dos professores e estudantes mais liberais deixaram o Concordia Seminex e iniciaram o Seminex. Em 1976, cerca de 250 das congregações mais liberais deixaram o Sínodo. Em seguida, o LCMS deixou a LCUSA.