Por volta de 1000 AC, grandes grupos de pessoas se estabeleceram nesta área. Estes eram os Umbrianos. Viviam em pequenos vilarejos fortificados em terras altas. A partir de 450 a.C. os vilarejos Umbrianos foram tomados pelos Etruscos. Então os romanos tomaram o controle da Itália central pela Batalha de Sentinum em 295 AC. Eles nivelaram algumas terras em terraços (degraus largos) e construíram uma grande cidade chamada Asisium no lado do Monte Subasio. Esta cidade se tornou Assis. Alguns edifícios ainda podem ser vistos da época romana em Assis. Eles incluem as muralhas, a praça principal e o Templo da Deusa Minerva, que agora é uma igreja chamada Santa Maria sopra Minerva.
Em 238 d.C. todo o povo de Assis se tornou cristão, por causa do ensinamento do bispo Rufino. Ele foi martirizado. Acredita-se que seu corpo esteja enterrado sob a Igreja Catedral de San Rufino, em Assis.
Os ostrogodos do rei Totila destruíram a maior parte da cidade em 545. Depois Assis foi governada pelos lombardos, que vieram do norte da Itália, e depois pelos governantes franciscanos.
No século XI (1000s), Assis se tornou uma cidade livre. Mas havia uma luta constante entre dois grupos chamados Ghibellines e Guelphs. Assis apoiava principalmente os Ghibellines, mas a grande cidade mais próxima, Perugia, apoiava os Guelphs. Durante a batalha da Ponte San Giovanni (Ponte de São João), os Guelphs de Perugia conseguiram capturar um jovem de Assis. Seu nome era Francesco di Bernardone. Foi em parte por causa de suas experiências quando ele foi capturado que o jovem Francesco decidiu que ele deixaria de ser um soldado. Quando voltou à casa de seu pai, ele guardou todas as suas riquezas e se tornou um pregador pobre e errante, dizendo às pessoas para se voltarem para Deus e viverem em paz uns com os outros. Ele trabalhou com os pobres e com as pessoas marginalizadas. Eles não tinham igreja, exceto uma ruína. São Francisco e seus amigos reconstruíram a minúscula igreja em ruínas para os pastores e outras pessoas pobres para adorarem. Ela é chamada de "Porciúncula". Francesco (Francisco) fundou a Ordem dos Franciscanos. Ele foi "canonizado" (feito santo) em 1228 e é conhecido como São Francisco. Ele é um dos santos mais populares.
Uma grande igreja basílica foi construída na encosta da montanha, em homenagem a São Francisco, e foi belamente decorada com cenas de sua vida. Uma das cenas mais famosas mostra a história da pregação de São Francisco aos pássaros. Em 1997, Assis foi atingida pelos dois terremotos. Parte do teto da basílica caiu, matando quatro pessoas que estavam de pé embaixo, e danificando o teto pintado. Muitas pessoas "fizeram doações" (deram dinheiro) para reparar o prédio que foi reaberto menos de dois anos depois.