Mycoplasma genitalium é uma pequena bactéria parasitária que vive sobre as células epiteliais ciliadas das vias genitais e respiratórias dos primatas.
Tem um dos menores genomas conhecidos, e é uma das menores bactérias. Outras bactérias muito pequenas são o endosymbiont Candidatus Carsonella ruddii, e a bactéria recentemente descoberta Nanoarchaeum. A menor bactéria viva livre conhecida é a Pelagibacter ubique com 1,3 Mb.
Mycoplasma genitalium foi originalmente isolado em 1980 da uretra de dois homens com uretrite não-gonocócica. A infecção por M. genitalium é bastante comum e é transmitida entre parceiros durante relações sexuais desprotegidas. Ela pode ser tratada com antibióticos. Ainda há muito a ser descoberto sobre seu papel na doença sexual.
M. genitalium tem 525 genes. Há 482 genes codificadores de proteínas em um cromossomo circular de 582.970 pares de bases. Um estudo inicial do genoma M. genitalium com seqüenciamento de caçadeira foi feito por Peterson em 1993. Foi então sequenciado por Fraser e outros. Foi descoberto que continha apenas 470 regiões de codificação previstas, incluindo genes necessários para replicação, transcrição e tradução do DNA, reparo do DNA, transporte celular e metabolismo de energia. Foi o segundo genoma bacteriano completo já sequenciado, após o Haemophilus influenzae.