Um cílio (plural cilia) é uma organela encontrada em células eucarióticas. Os cílios são protuberâncias esbeltas que se projetam do corpo celular muito maior.
Existem dois tipos de cílios:
- cílios móveis, que batem contra líquidos fora da célula.
- não móveis, ou cílios primários, que normalmente servem como organelas sensoriais.
Em eucariotas, cílios e flagelos juntos formam um grupo de organelas conhecido como undulipodia. Os cílios eucarióticos são estruturalmente idênticos aos flagelos eucarióticos, embora às vezes sejam feitas distinções de acordo com a função e/ou comprimento.
Os cílios móveis são encontrados em ciliados protistas como o Paramecium. Eles são como o Paramecium se move. Também são encontrados nas células epiteliais de muitos órgãos internos dos metazoários, tais como o sistema digestivo e a traquéia dos pulmões.

