A reprodução em Paramecium tem sido pesquisada há muitos anos. O Paramecium tem dois núcleos (um macronúcleo grande e um único micronúcleo compacto). Eles não podem sobreviver sem o macronúcleo e não podem se reproduzir sem o micronúcleo. A reprodução é por fissão binária (assexual), conjugação (sexual), ou, raramente, por endomixis, um processo de auto-fertilização. Durante a fissão binária, um organismo plenamente desenvolvido divide-se em duas células filhas. A conjugação consiste na união temporária de dois organismos e na troca de elementos micro-nucleares. Sem os efeitos rejuvenescedores da conjugação, um paramécio envelhece e morre. Somente tipos opostos de acasalamento, ou organismos geneticamente compatíveis, podem se unir em conjugação.
Este sistema reprodutivo é exclusivo dos ciliados e é uma das razões pelas quais pensamos que o Protista não é um clade natural (monofilético), mas sim uma coleção polifilética de organismos unicelulares.
Paramecium aurelia
Esta espécie consiste em 14 "syngens", cada um isolado geneticamente de todos os outros, e bioquimicamente único. Cada "syngen" tem dois tipos de acasalamento. Os syngens são tão semelhantes na aparência que não receberam nomes de espécies separados. p322
Paramecia assassina e partículas kappa
São paramecias que secretam, no meio ao seu redor, partículas que matam outras paramecias. Esta característica assassina é causada por partículas kappa, que são bactérias simbiônticas. As partículas kappa são encontradas apenas em paramecia com um gene K dominante. A matança é feita por partículas menores, que são fagos de DNA defeituosos. A bactéria kappa é apenas uma das muitas encontradas em populações naturais de Paramecium aurelia. p243/4
