Um flagelo (plural: flagella) é uma estrutura longa, em forma de chicote, que ajuda alguns organismos unicelulares a se moverem. É composto de microtubos. Eles ajudam a impulsionar células e organismos em um movimento semelhante a um chicote. O flagelo dos eucariotas geralmente se move com um movimento "S", e é cercado por uma membrana celular.
Flagella são estruturalmente quase idênticos aos Cílios muito menores. Tanto que foi proposto que os protistas portadores de um ou outro deveriam ser unificados no Filo Undulipodia. Anteriormente, Margulis havia proposto que somente os Ciliados fossem colocados em um Filo Ciliophora. É certo que o Protista é uma coleção de formas unicelulares díspares, mas enquanto uma taxonomia mais sofisticada está em fluxo (mudando), o Protista ainda é um termo útil.
Cilia e flagella são organelas celulares, unidades especializadas que realizam funções bem definidas, como mitocôndrias e plastídeos. Está bastante claro agora que todas ou a maioria destas organelas têm sua origem em procariotas (bactérias ou arcaias) outrora independentes, e que a célula eucariótica é uma "comunidade de microorganismos" que trabalham juntos em "um casamento de conveniência".

