Os hábitos alimentares do Quetzalcoatlus (que tinha um bico longo e sem dentes) são desconhecidos. Esta questão, e seu vôo, ainda estão sendo discutidos. A falta de um esqueleto mais detalhado é o principal problema para se chegar a conclusões. Duas teorias foram propostas.
Uma idéia é que ele comeu peixe, voando com sua mandíbula na água, e pegando peixes quando os atingiu. Na época, o Texas estava amplamente coberto pelo Western Interior Seaway. "Destes estilos de vida propostos, o piscivory [comedor de peixe] em vôo parece ter ganho a maior aceitação, sendo a alimentação por desnatação um método frequentemente sugerido para forragem.
A outra teoria é que ele se alimentava da terra, em parte como um alimentador de carniça, como abutres e abutres, e forrageado para pequenos animais. Esta visão está ganhando terreno, porque a mandíbula não mostra as adaptações para a escumação encontradas nas aves modernas que capturam peixes desta forma.
Em vôo, era certamente um vôo mais ascendente, voando em correntes de ar ascendentes em um ambiente quente, e seus restos mortais vêm de um local que ficava bem no interior do Cretáceo.