A transcriptase reversa foi descoberta por Howard Temin na Universidade de Wisconsin-Madison em um vírus do câncer. Foi isolada independentemente por David Baltimore em 1970 no MIT de dois vírus do tumor de RNA. Por suas realizações, eles compartilharam o Prêmio Nobel de Fisiologia ou Medicina de 1975 (com Renato Dulbecco).
A idéia de transcrição reversa era muito impopular no início porque contrariava o dogma central da biologia molecular. Isto afirma que o DNA é transcrito em RNA, que depois é traduzido em proteínas. Entretanto, em 1970, quando Howard Temin e David Baltimore descobriram independentemente a enzima responsável pela transcrição reversa, a possibilidade de que a informação genética pudesse ser transmitida desta forma foi finalmente aceita.
Desse trabalho surgiu a idéia de que os primeiros genomas foram feitos de genes de RNA. Os genes de RNA que sobrevivem hoje podem ser tudo o que resta desta condição inicial. A transcriptase reversa pode ser o remanescente de uma etapa em que os genes de DNA foram feitos através da cópia de genes de RNA. Esta teoria é relevante para os estágios mais iniciais da evolução. A transcrição reversa também é utilizada por vários elementos semi-independentes chamados transposons.