Os transposons são encontrados em muitas formas de vida. Eles podem ter surgido independentemente muitas vezes, ou talvez apenas uma vez e depois se espalharam para outros reinos através da transferência horizontal de genes.
Embora alguns transposons possam conferir benefícios aos seus anfitriões, a maioria é considerada como parasitas de DNA egoístas. Desta forma, eles são semelhantes aos vírus. Vários vírus e transposons também compartilham características em suas estruturas genômicas e habilidades bioquímicas, levando à especulação de que eles compartilham um ancestral comum.
A atividade excessiva de transposição pode destruir um genoma, o que é letal. Muitos organismos desenvolveram mecanismos para inibi-los. As bactérias podem usar a eliminação de genes para remover transposons e vírus de seus genomas enquanto os organismos eucarióticos usam a interferência do RNAi (RNAi) para inibir a atividade de transposon.
Em células animais vertebradas, quase todas as mais de 100.000 transposições de DNA em um código de genoma para polipéptidos inativos. Em humanos, todos os transpondedores de classe I são inativos. O primeiro transpositor de DNA usado como ferramenta para fins genéticos, o sistema de transpositor de Bela Adormecida, foi um transpositor que foi ressuscitado de um longo sono evolutivo.
Papel no sistema imunológico
Os transposons podem ter sido cooptados pelo sistema imunológico de vertebrados como um meio de produzir diversidade de anticorpos: O sistema de recombinação V(D)J opera por um mecanismo semelhante ao dos transposons. Este é um sistema de três genes que se rearranjam na produção de linfócitos de vertebrados. O sistema codifica diversamente as proteínas para combinar antígenos de bactérias, vírus, parasitas, células disfuncionais, como células tumorais, e pólens.
A seqüência final do DNA, e portanto a seqüência do anticorpo, é altamente variável, mesmo quando os mesmos dois segmentos V, D, ou J estão unidos. Esta grande diversidade permite que a recombinação VDJ gere anticorpos mesmo para micróbios que nem o organismo nem seus ancestrais jamais encontraram anteriormente.