A Lady Juliana navegou antes dos outros navios condenados e nem sempre é contada como parte da Segunda Frota. O navio de abastecimento Justinian não navegava com os navios condenados e chegou antes deles. O HMS Guardian partiu antes dos navios condenados, mas bateu no gelo depois de deixar o Cabo da Boa Esperança, voltou para o sul da África e ficou naufragado na costa.
Os Surprize, Neptune e Scarborough foram enviados pela firma "Camden, Calvert & King". Eles tinham concordado em transportar, vestir e alimentar os condenados por uma taxa de 17 7 libras esterlinas. 6d por cabeça Esta taxa foi paga quer os condenados desembarcassem mortos ou vivos. Esta empresa já havia estado anteriormente no negócio de levar escravos para a América do Norte. As únicas pessoas do governo no navio eram o agente naval, Tenente John Shapcote, e o Capitão da Guarda; todas as outras tripulações eram fornecidas pela firma.
A Segunda Frota deixou a Inglaterra em 19 de janeiro de 1790, com 1.006 condenados (928 homens e 78 mulheres). Eles fizeram apenas uma parada no caminho, no Cabo da Boa Esperança. Aqui 20 condenados masculinos, sobreviventes do Guardian, foram levados a bordo. Os três navios fizeram uma viagem mais rápida que a Primeira Frota, chegando a Port Jackson na última semana de junho de 1790. Isto foi três semanas após Lady Juliana, e uma semana após o navio de abastecimento Justinian.
A viagem foi rápida, mas a taxa de pessoas morrendo foi a mais alta da história do transporte para a Austrália. Dos 1.026 condenados que partiram, 267 (256 homens e 11 mulheres) morreram durante a viagem (26%).
Em Netuno os condenados não recebiam comida suficiente, eram mantidos amarrados com correntes, e raramente deixavam subir para o convés. Muitos deles ficaram com escorbuto. Em Scarborough, eles foram alimentados, mas uma tentativa reportada de motim fez com que os condenados fossem mantidos presos abaixo do convés.
O capitão William Hill, capitão da guarda, escreveu mais tarde que os capitães dos navios não alimentavam os condenados para que eles pudessem vender a comida em outro país. Eles queriam que os condenados morressem rapidamente para que não tivessem que desperdiçar a comida neles e pudessem guardá-la para venda mais tarde.