O que agora é o Sul do Sudão já fez parte do Sudão anglo-egípcio. Esta parte do Império Britânico tornou-se a República do Sudão quando a independência foi alcançada em 1956. Após a Primeira Guerra Civil Sudanesa, a Região Autônoma do Sul do Sudão foi formada em 1972 e durou até 1983. Uma segunda guerra civil sudanesa logo se desenvolveu e terminou com o Acordo de Paz Abrangente de 2005. Mais tarde naquele ano, foi formado o Governo Autônomo do Sul do Sudão. O Sul do Sudão tornou-se um estado independente em 9 de julho de 2011 à meia-noite, horário local, após um referendo realizado em janeiro de 2011. No referendo, quase 99% dos eleitores queriam se separar do resto do Sudão.
O Conselho de Segurança das Nações Unidas reuniu-se em 13 de julho de 2011 para discutir formalmente a adesão à República do Sul do Sudão. No dia seguinte, 14 de julho de 2011, o Sul do Sudão tornou-se um Estado membro das Nações Unidas. O Sul do Sudão também se candidatou para se associar à Comunidade das Nações, à Comunidade da África Oriental, à Autoridade Intergovernamental para o Desenvolvimento, ao Fundo Monetário Internacional e ao Banco Mundial. O país foi declarado elegível para se candidatar também à adesão à Liga Árabe.
Nos Jogos Olímpicos de Verão de 2012, um atleta do Sul do Sudão competiu sob a bandeira do Comitê Olímpico Internacional. Em 2013, eclodiu uma guerra civil.