Os fósseis de transição (ou elos em falta) são os restos fossilizados de formas de vida que mostram características típicas de dois grupos distintos. Pode ser um fóssil raro, como o Archaeopteryx, que mostra as características iniciais de um grupo que mais tarde se generaliza.

A raridade das formas transitórias é interessante. Ela sugere que as novas formas ainda não são dominantes na ecologia de seu tempo, e que suas populações são relativamente pequenas. Segue-se que seus fósseis seriam escassos. No calcário Solnhofen onde Archaeopteryx foi encontrado, há mais exemplos de pterossauros de vários gêneros do que de pássaros-protótipo. No Jurássico, os pterossauros eram dominantes no ar.

Mas no Cretáceo Inferior, a situação se inverte. Os pterossauros estão em declínio, e um grande número de diferentes espécies de aves é encontrado nos famosos depósitos de lagerstatten chineses, como a biota Jehol. As aves do Baixo Cretáceo são claramente mais parecidas com aves, e as características que elas desenvolveram lhes permitiram invadir nichos de habitat que tinham sido preservados pelos pterossauros, ou talvez não tenham sido explorados anteriormente.