A nascente da Yaque del Norte está a uma altitude de 2.580 m, na montanha Pico del Yaque, na parte central da Cordilheira Central.
Mas neste lugar, o rio se chama Los Guanos ou Río de la Derecha ("Rio à Direita"). O nome Yaque del Norte é usado somente quando este pequeno rio se junta a outro pequeno rio, Los Tablones ou Río de la Izquierda ("Rio à Esquerda") em Manabao, a oeste de Jarabacoa, a uma altitude de 900 m.
De Manabao, o rio corre para o leste, através da parte noroeste da província de La Vega. Quando chega a Jarabacoa, ele se volta para o norte, para Santiago. O rio Jimenoa, o único afluente direito importante do Yaque del Norte, se junta a ele em Jarabacoa.
Em Santiago de los Caballeros, o rio gira para o noroeste e corre pelo Vale Yaque del Norte, a parte oeste do Vale do Cibao.
Sua boca fica na baía de Montecristi, ao sul da cidade de San Fernando de Monte Cristi, no Oceano Atlântico.
Seus tributários mais importantes à esquerda são os rios Bao, Ámina, Mao e Guayubín.