Após uma infância um tanto problemática, Anna foi psicanalisada por seu pai. Quando sua análise foi concluída em 1922, ela mesma se tornou psicanalista. Ela ensinou no Instituto de Treinamento Psicanalítico de Viena sobre a técnica de análise infantil. De 1925 a 1934, foi secretária da Associação Psicanalítica Internacional. Ela continuou com a análise infantil e seminários e conferências sobre o assunto.
Após o Anschluss em 1938, os Freuds fugiram de Viena e vieram para Londres. O próprio Freud estava morrendo de câncer, então Anna dirigiu a casa. Anna tinha um desacordo profissional com Melanie Klein, que tinha vindo a Londres muito antes, e já estava estabelecida como psicóloga infantil. A Sociedade Psicanalítica Britânica realizou uma série de "discussões controversas". As discussões foram sobre o treinamento e as idéias de ambas as partes. Eventualmente, chegou-se a um acordo para que ambas "escolas" coexistissem dentro da Sociedade. A Sociedade agora tem três divisões de treinamento: Kleinian, Freudian e Independent.
Durante a guerra, Freud estudou o efeito da privação dos cuidados parentais sobre as crianças. Ela criou um centro para jovens vítimas da guerra, chamado "The Hampstead War Nursery". Aqui as crianças foram acolhidas em lares adotivos, com mães incentivadas a visitar o máximo de vezes possível.
Em 1947, Freud e Kate Friedlaender estabeleceram os Cursos de Terapia Infantil Hampstead. Cinco anos depois, uma clínica para crianças foi acrescentada. Freud começou a dar aulas de psicologia infantil.
Desde os anos 50 até o final de sua vida Freud viajou regularmente aos Estados Unidos para dar palestras, ensinar e visitar amigos. Durante os anos 70, ela estava preocupada com os problemas das crianças emocionalmente carentes e socialmente desfavorecidas. Na Faculdade de Direito de Yale, ela dava seminários sobre o crime e a família.
Freud morreu em Londres em 9 de outubro de 1982. Ela foi cremada no Golders Green Crematorium e suas cinzas colocadas em uma prateleira de mármore ao lado da antiga urna funerária grega de seus pais. Sua amiga de toda a vida Dorothy Burlingham e vários outros membros da família Freud também descansam lá.
