Nas eleições presidenciais de 1992, ele venceu o republicano George H. W. Bush. Durante a primeira parte do primeiro mandato de Clinton, ele implementou um código fiscal que aumentaria os impostos sobre os ricos.
Em 1994, durante o primeiro mandato de Clinton, o Congresso mudou para uma maioria republicana. Entretanto, Clinton ainda venceu o republicano Bob Dole nas eleições de 1996.
Os republicanos derrotaram a proposta de Clinton para que o governo dos EUA adotasse um sistema de saúde universal. Os republicanos propuseram muitas idéias novas ao Congresso para limitar o tamanho do governo, como exigir que o orçamento seja equilibrado e impedir que as pessoas abusem do sistema de bem-estar.
Clinton foi processado por Paula Jones por assédio sexual, mas o processo foi oficialmente arquivado depois que Jones não conseguiu provar os danos. Isto fez dele o primeiro presidente em exercício dos Estados Unidos a ser processado.
O Presidente Clinton foi acusado de má ação pela Câmara dos Deputados dos Estados Unidos em dezembro de 1998 durante o escândalo Monica Lewinsky e foi impugnado. Embora ele tenha mentido que eles não se envolveram em atividade sexual, o Senado dos Estados Unidos o acusou de não ter feito nada de errado em fevereiro de 1999.
O país enfrentou poucos desafios durante seu mandato. A Guerra Fria havia terminado e havia muito pouca necessidade de que os militares americanos se envolvessem nos assuntos do mundo, de modo que os gastos com a defesa foram significativamente reduzidos. A economia estava indo muito bem durante seu mandato, embora haja um debate se a economia estava bem por causa das políticas de Clinton ou por causa das políticas dos republicanos.
A década terminou sendo a primeira vez que os Estados Unidos não tiveram que pedir dinheiro emprestado para pagar seu orçamento. Clinton deixou o escritório com altos índices de aprovação e foi sucedido por George W. Bush.