Miserere mei, Deus é um motet escrito para ser cantado por dois coros. Um coral tem cinco vozes - soprano, alto, dois tenores e baixo. O segundo coral tem dois sopranos, alto e barítono. Um coro canta um tipo simples de música chamada fauxbourdon, baseada em um canto simples. O outro canta uma versão mais complicada, com uma parte de cima que vai até o alto C (a nota duas oitavas mais alta que o C médio). Os cantores também improvisaram algumas partes da música, compondo partes elaboradas e ornamentadas. Estes improvisos não foram escritos, mas foram passados de cantor para cantor no coro.
Allegri escreveu o Miserere para ser cantado na Capela Sistina durante as celebrações da Páscoa. Durante o culto, que começou às 3 horas da manhã, haveria 27 velas acesas. O Papa extinguiria gradualmente as velas até que restasse apenas uma acesa. O Miserere era realizado enquanto o Papa rezava no altar com a única vela.
Esta peça musical tornou-se muito popular, e o Vaticano não queria que mais ninguém a executasse. Ninguém estava autorizado a tirar a música da capela ou fazer cópias dela. O Vaticano exigiu a excomunhão de qualquer pessoa que tentasse fazer uma cópia. Entretanto, em 1770, havia três cópias conhecidas da música. Uma delas foi dada ao Imperador Leopoldo I pelo papa. Wolfgang Amadeus Mozart visitou a Capela Sistina durante uma turnê pela Europa com seu pai em 1770. Ele tinha apenas 14 anos de idade, mas ouviu a peça e escreveu toda a música de memória mais tarde, no mesmo dia. Uma segunda visita lhe permitiu verificar se ele a tinha escrita corretamente. Acredita-se que a cópia da música de Mozart foi enviada para a Inglaterra onde foi publicada pelo Dr. Charles Burney. Supõe-se que Mozart teria escrito as improvisações em sua cópia. A versão de Burney não contém os improvisos, então é possível que ele os tenha retirado e destruído a cópia de Mozart para evitar problemas com a igreja. Não existiam leis de direitos autorais naqueles dias, portanto não havia nada que o Vaticano pudesse fazer a respeito.
Acredita-se que a versão do Miserere mei Deus realizada hoje, é muito diferente do trabalho que Allegri compôs.
