O teto é a parte mais famosa da Capela Sistina, e muitos milhares de visitantes vão vê-lo. Em 1505, o Papa Júlio II pediu a Miguel Ângelo que pintasse o teto. Miguel Ângelo era um escultor famoso. Ele não queria ser um pintor. Três anos mais tarde, ele concordou em pintar o teto. Ele trabalhou de 1508 a 1511, em pé em uma plataforma alta, com os braços esticados acima da cabeça. (Embora algumas pessoas pensem que ele se deitava para pintar, isto não é verdade.) Porque ele pintava sobre gesso molhado, o cheiro e o calor eram terríveis. Ele escreveu um poema sobre como ele estava doente.
Ao longo do centro do teto estão pintados nove quadros que contam histórias do Livro do Gênesis no Antigo Testamento da Bíblia. As histórias começam com três quadros de Deus fazendo luz, fazendo a Terra, o Sol e a Lua, e fazendo o Mar e o Céu.
As três imagens seguintes contam a história do primeiro homem e da primeira mulher, Adão e Eva. Na primeira cena, Deus acaba de fazer Adão. Ele estende sua mão e toca seu dedo para lhe dar Vida.
Na próxima foto, Adão está dormindo e Deus faz Eva a partir de uma das costelas de Adão.
Na terceira foto, há duas cenas. Adão e Eva são enganados pelo Diabo para comer frutas da árvore que lhes foi dito para não tocar. Na outra cena, um anjo os persegue para fora do Jardim do Éden de Deus. Esta história conta como o pecado veio ao mundo.
As três últimas fotos são sobre a Arca de Noé. Elas contam sobre um mundo triste e pecaminoso. Por causa do pecado humano e da indelicadeza, Deus envia uma enchente. Somente Noé e sua família escapam no grande barco que eles constroem. Quando a enchente termina, eles fazem um altar e matam uma ovelha como um sacrifício a Deus. Mas então Noé cultiva videiras, faz vinho e fica bêbado. Um de seus filhos vê Noé deitado nu e ri de seu pai. Noé tem vergonha e amaldiçoa seu filho. Estas histórias mostram como as pessoas continuam agindo de forma errada, mesmo quando têm uma segunda chance.
Ao redor da parede, Michelangelo pintou doze grandes figuras de homens e mulheres sábios. Estes foram os profetas e irmãos que disseram ao povo que Deus enviaria Jesus Cristo para salvá-los do pecado.
Também estão pintados no teto 20 belos jovens chamados de ignudi. Ninguém sabe ao certo o que eles são, mas talvez sejam anjos.
Quando o teto foi finalmente descoberto, todos ficaram espantados. Giorgio Vasari, que escreveu a história de vida de Michelangelo, diz que centenas de pessoas vinham todos os dias para olhar fixamente e olhar fixamente.