No início, Muhammad Ali travou uma guerra em nome do Sultão Otomano, Mahmud II, na Arábia e na Grécia. Mais tarde, ele entrou em conflito aberto com o Império Otomano.
Sua primeira campanha militar foi uma expedição para a Península Arábica. As cidades sagradas de Meca e Medina haviam sido capturadas pela Casa da Saudade, que detinha uma forma de islamismo chamada Wahhabismo. Armados com seu novo zelo religioso, os Muhammad ibn Saud começaram a conquistar partes da Arábia.
Com o principal exército otomano ocupado na Europa, Mahmud II recorreu a Muhammad Ali para reconquistar os territórios árabes. Muhammad Ali, por sua vez, nomeou seu filho, Tusun Pasha, para liderar uma expedição militar em 1811. A campanha foi voltada na Arábia; no entanto, um segundo ataque foi lançado em 1812 que recapturaram Hejaz. p43-44 Após uma campanha de dois anos, os sauditas foram esmagados e a maior parte da família saudita foi capturada. O líder da família, Abdullah ibn Saud, foi enviado a Istambul, e executado. p48
Muhammad Ali voltou em seguida sua atenção para campanhas militares de seu próprio projeto, começando pelo Sudão, que ele via como uma valiosa adição de território, ouro e escravos. Na época, o Sudão não tinha autoridade central real e usava armas primitivas em suas lutas tribais.
Em 1820 Muhammad Ali enviou um exército de 5.000 soldados comandados por seu terceiro filho, Ismail, para o sul do Sudão com a intenção de conquistar o território e submetê-lo à sua autoridade. p51 As tropas de Ali avançaram para o Sudão em 1821, mas encontraram uma resistência feroz. Finalmente, tropas egípcias e armas de fogo asseguraram a conquista do Sudão. Ali tinha agora um posto avançado a partir do qual podia se expandir até a nascente do Nilo na Etiópia, e em Uganda. Sua administração capturou escravos do Sudão, que depois foram transformados em um regimento de soldados a pé. O duro reinado de Ali no Sudão, e o de seus sucessores imediatos, acabou levando à luta popular pela independência do autoproclamado Mahdi, Muhammed Ahmed, em 1881.
Como Muhammad Ali estava expandindo sua autoridade na África, o Império Otomano enfrentou rebeliões étnicas em seus territórios europeus. A rebelião grega contra o domínio otomano começou em 1821. O exército otomano falhou em derrubar a revolta, e a violência étnica se espalhou até Constantinopla. O Sultão Mahmud II ofereceu a Muhammad Ali a ilha de Creta, em troca de seu apoio para derrubar a revolta.
Muhammed Ali enviou 16.000 soldados, 100 transportes e 63 navios de escolta sob o comando de seu filho, Ibrahim Pasha. p71. Grã-Bretanha, França e Rússia intervieram para proteger os gregos. Em 20 de outubro de 1827, na Navarino, toda a marinha egípcia foi afundada pela frota aliada europeia sob o comando do almirante Edward Codrington (1770-1851). Muhammad Ali sofreu a perda de sua marinha competente e cara. Com sua frota destruída, o Egito não tinha como apoiar suas forças na Grécia e foi forçado a se retirar. Por fim, a campanha custou a Muhammad Ali sua marinha sem ganhos.
Para compensar suas perdas e as do Egito, a conquista da Síria foi posta em marcha. Como outros governantes do Egito antes dele, Ali desejava controlar o Levante, tanto por seu valor estratégico quanto por seus ricos recursos naturais. A Síria não só tinha abundantes recursos naturais, mas também uma próspera comunidade comercial internacional com mercados bem desenvolvidos em todo o Levante. Seria um mercado cativo para as mercadorias que agora são produzidas no Egito. Talvez o melhor de tudo, a Síria era desejável como um estado tampão entre o Egito e o Sultão Otomano.
Uma nova frota foi construída, um novo exército foi criado e em 31 de outubro de 1831, sob Ibrahim Pasha, a invasão egípcia da Síria iniciou a Primeira Guerra Turco-Egípcia. Os egípcios invadiram a maior parte da Síria com facilidade. Na cidade portuária do Acre, foi colocada a mais forte e única resistência realmente significativa. A força egípcia acabou capturando a cidade após um cerco de seis meses. A agitação na frente doméstica egípcia aumentou durante o curso do cerco. Ali foi forçado a espremer cada vez mais o Egito para apoiar sua campanha, e seu povo ressentiu-se com o aumento da carga.
Após a queda do Acre, o exército egípcio marchou para o norte, em direção à Anatólia. Na Batalha de Konya (21 de dezembro de 1832), Ibrahim Pasha derrotou o exército otomano liderado pelo Grande Vizier Reshid Pasha. Agora não havia obstáculos militares entre as forças de Ibrahim e o próprio Constantinopla.
Ao longo da campanha, Muhammad Ali observou atentamente as potências européias. Temendo outra intervenção que reverteria todos os seus ganhos, ele procedeu lenta e cautelosamente. Por exemplo, ele continuou a prática de usar o nome do Sultão nas orações de sexta-feira nos territórios recém capturados. Ele continuou a circular moedas otomanas em vez de emitir novas com sua semelhança. p111 Enquanto a marcha de Muhammad Ali não ameaçou o colapso completo do estado otomano, as potências na Europa permaneceram como observadores passivos.
Apesar deste show, o objetivo de Muhammad Ali era agora remover o atual Sultão Otomano Mahmud II e substituí-lo pelo filho do sultão, o menino Abdülmecid. Esta possibilidade alarmou tanto Mahmud II que ele aceitou a oferta da Rússia de ajuda militar. Isto levou ao Tratado de Hünkâr İskelesi. p72 O ganho da Rússia desanimou os governos britânico e francês, então eles trabalharam por uma solução negociada. Em maio de 1833, foi assinada a Convenção de Kutahya.
Os termos da paz eram que Ali retiraria suas forças da Anatólia e receberia os territórios de Creta e do Hejaz como compensação. Ibrahim Pasha seria nomeado Wāli da Síria. O acordo de paz ficou aquém, entretanto, de conceder a Muhammad Ali um reino independente para si mesmo, deixando-o em falta. p122
