Em julho de 1863, o povo dos Estados Unidos assistiu aos piores tumultos da história da nação. Em Nova York, os amotinados protestaram contra o primeiro rascunho da América. Eles acreditavam que este rascunho era injusto. Ele pesava muito contra os pobres e permitia que os ricos comprassem sua saída. Os desordeiros destruíram vários edifícios, incluindo o Asilo dos Órfãos Coloridos, e os negros linchados dos postes de iluminação. Entre 105 e 128 pessoas morreram durante os quatro dias de tumultos.
As canções de Foster não vendiam bem nos meses que antecederam os tumultos. Seus melhores dias como compositor tinham terminado. Seu público se dividira em linhas políticas, econômicas e raciais. No sábado 9 de janeiro de 1864, Foster sentiu-se doente e foi para a cama cedo. Ele estava hospedado em um hotel pobre, mas decente, no Bowery. No domingo de manhã, ele falou com uma criada à sua porta, depois se virou e caiu, quebrando um pedaço de louça que lhe ofegava o pescoço. Seu camarada George Cooper (que morava a apenas quatro quarteirões de distância) foi mandado chamar. Ele encontrou Foster nu em uma poça de sangue. O compositor sussurrou: "Estou acabado" e pediu uma bebida.
Chegou um médico e o gás foi costurado. Foster foi vestido e levado para uma enfermaria para os pobres no Hospital Bellevue. Ele foi inscrito no registro como "operário". Ele estava desconfortável e não gostava da comida. No dia 13 de janeiro, ele estava comendo sopa quando desmaiou morto. Seu cadáver foi colocado em um caixão e levado para o necrotério do hospital. Em seu bolso foram encontradas algumas moedas e um pedaço de papel lendo: "Caros amigos e corações gentis".
A causa de sua morte não é conhecida. Foi provavelmente uma combinação de alcoolismo, dieta pobre e perda de sangue, ou um ataque cardíaco ou derrame cerebral. Jane Foster e os irmãos de Stephen Henry e Morrison reclamaram o corpo e o levaram para o enterro na Pensilvânia. O serviço fúnebre foi realizado na Igreja Episcopal da Trindade, Pittsburgh, em 21 de janeiro. O caixão de Foster foi encontrado no cemitério de Allegheny por uma banda de metais tocando suas músicas. Ele foi enterrado perto de seu pai e de sua mãe.
Sua morte não foi registrada na maioria dos jornais. O New York Post, no entanto, comparou suas melodias com as de Donizetti. A Mesa Redonda escreveu que Foster era "um escritor amador" mal familiarizado com as regras da composição musical. Mas a Mesa elogiou seu pathos e seu humor.
Muitas canções foram promovidas após a morte de Foster como suas últimas canções. "The Voices That are Gone" (publicado em 1865) e "Kiss Me Mother Ere I Die" (1869) são provavelmente, de fato, seus últimos trabalhos. Em agosto de 1864, um engenheiro nascido na Prússia comprou The White Cottage e a demoliu.