Nos sistemas de metrô de outras cidades, uma "linha" de trem é o mesmo que uma "rota" de trem. No sistema de metrô da cidade de Nova Iorque, no entanto, a "linha" é o traçado real, que um trem "rota" utiliza. As "vias", também chamadas de "serviços", têm uma letra ou um número, como "1" ou "A". As "linhas" têm nomes, como "Linha da Broadway".
Existem 24 serviços de trem. Isto inclui 3 rotas curtas de "vaivém". Cada rota tem uma cor. R. Raleigh D'Adamo, um advogado que entrou em um concurso em 1964, planejou as cores que são usadas nos mapas do metrô agora. Antes, os mapas do metrô usavam cores diferentes para cada rota. As pessoas que vivem em Nova York não ligam para linhas e serviços por cor (como a Linha Azul ou a Linha Verde). No entanto, os turistas muitas vezes usam cores para distinguir entre as rotas.
Existem três tipos diferentes de serviços de metrô. Os trens "locais" fazem todas as paradas nas estações "locais", bem como nas estações "expressas". Os trens "expressos" saltam algumas estações, mas param nas estações "expressas". Há um serviço de "pular-parada", o J/Z, onde dois itinerários de trens circulam na mesma linha; cada itinerário só pára em cada outra estação ao longo da linha.
O sistema de metrô funciona 24 horas por dia e 7 dias por semana, mas algumas rotas não funcionam quando não há muitas pessoas andando de metrô. Quando uma linha é fechada, a autoridade de trânsito utiliza ônibus de transporte gratuito. A autoridade de trânsito mostra as mudanças de serviço planejadas em seu website, nas paredes das estações, dentro dos vagões do metrô e através de sua página no Twitter.
Linhas de troncos
| Linha de tronco primário | Cor | Pantone | Balas de serviço |
| Linha da Oitava Avenida IND | Azul vivo | PMS 286 |    |
| IND Linha da Sexta Avenida | Laranja brilhante | PMS 165 |     |
| Linha IND Crosstown | Verde lima | PMS 376 |  |
| Linha BMT Canarsie | Ardósia clara cinza | 50% preto |  |
| Linha de Rua BMT Nassau | Terra cotta brown | PMS 154 |   |
| Linha BMT Broadway | Amarelo girassol | PMS 116 |     |
| IRT Broadway - Linha da Sétima Avenida | Tomate vermelho | PMS 185 |    |
| Linha IRT Lexington Avenue | Verde maçã | PMS 355 |     |
| Linha de descarga de IRT | Framboesa | PMS Púrpura |   |
| Vaivéns | Ardósia escura cinza | 70% preto |  |
Rotas
Há muitas rotas no metrô. Muitas pessoas que nunca andaram no metrô ficam confusas porque há tantas rotas que vão para tantos lugares diferentes. O metrô tem placas penduradas nos tetos das estações para mostrar as rotas e para onde elas vão.
| As rotas na "Divisão A", que antes era a Interborough Rapid Transit Company, são: | Rota | Nome | |  | Broadway-Seventh Avenue Local | |  | Broadway-Seventh Avenue Express | |  | Broadway-Seventh Avenue Express | |  | Lexington Avenue Express | |  | Lexington Avenue Express | |   | Lexington Avenue Local | |   | Lavagem Local/Express | |  | 42nd Street Shuttle | | As rotas da "Divisão B", que pertenciam à Brooklyn-Manhattan Transit Corporation e ao Independent Subway System, são: | Rota | Nome | Rota | Nome | |  | Oitava Avenida Express |  | Canarsie Local | |  | Sexta Avenida Express |  | Sexta Avenida Local | |  | Oitava Avenida Local |  | Broadway Express | |  | Sexta Avenida Express |  | Broadway Express | |  | Oitava Avenida Local |  | Broadway Local | |  | Sexta Avenida Local |  | Vaivém da Avenida Franklin | |  | Cruzamento da cidade local |  | Ônibus Rockaway Park | |   | Rua Nassau Local/Express |  | Broadway Local | |