Em 5 de junho de 1964, a Khomeini foi presa e enviada para o exílio. Ele foi exilado para o Iraque, Turquia e depois para a França. Khomeini fez muitos discursos na França contra Mohammad Reza Pahlavi, o último Xá do Irã. Em 16 de janeiro de 1979, Pahlavi deixou o Irã. Duas semanas depois, em 1º de fevereiro, Khomeini retornou ao Irã.
Ele recebeu uma educação religiosa tradicional em Qom (cidade no Irã). Quando ele viveu em Najaf (cidade santa no Iraque) por alguns anos, ele falou sobre as idéias do Islã sobre o governo. Durante esse tempo, ele refinou sua teoria do velayat-e faqih ("governo do jurista").
Em 11 de fevereiro de 1979, Khomeini nomeou seu primeiro primeiro primeiro-ministro, Medhi Bazargan. Em 30 de março de 1979 foi realizado um referendo no Irã e, como resultado, a monarquia foi substituída por uma República Islâmica. Após a Revolução Islâmica, Khomeini tornou-se Líder Supremo do Irã.
Rushdie fatwa
No início de 1989, a Khomeini publicou um fatwā que pedia aos muçulmanos para matar Salman Rushdie e "todos os envolvidos na publicação" de seu livro chamado The Satanic Verses. Rushdie nunca foi morto. Entretanto, o tradutor japonês do livro foi esfaqueado até a morte em 1991.