Um mecanismo de reação é escrever passo a passo como funciona uma reação química. Normalmente, apenas a mudança geral pode ser vista em uma reação. As coisas feitas no meio reagem muito rapidamente para serem vistas. Estes são chamados de intermediários, e ao passar de um intermediário para outro, um estado de transição é atravessado. Entretanto, é importante entender todas as etapas que fazem a mudança total. Isto porque assim se pode entender as reações mais difíceis ou tentar fazer com que uma reação funcione de certa forma.

Há muitos tipos de mecanismos de reação. Na química orgânica, os mais comuns são a substituição, eliminação e adição de nucleófilos. As pessoas às vezes usam o empurrar de flechas para desenhar como os elétrons se movimentam durante uma reação. Isto torna fácil ver quais laços são formados e quais são quebrados durante o processo.