As pessoas viviam em Salzburgo desde a Nova Idade da Pedra até hoje. A descoberta mais antiga na área da cidade é datada por volta de 4500 a.C. A partir de 15 a.C., após a ocupação romana, a cidade foi chamada de Iuvavum. A cidade romana estava situada na cidade antiga de hoje ao redor da Waagplatz. A cidade tornou-se um lugar importante do leste até a província da Germânia. Os romanos partiram no início da migração bárbara em torno de 500. Até 696, apenas poucos podem ser ditos sobre a história. 696 a cidade foi entregue ao bispo Rupert pelo Duque Theodo II. da Baviera. Rupert foi ordenado pelo Duque para trazer o cristianismo para o leste e sudeste de seu país. Rupert fundou o mosteiro São Pedro e para as mulheres o mosteiro Nonnberg. 739 Salzburgo tornou-se a sede de um bispo e 774 a primeira catedral foi construída. 998 Salzburg tornou-se arcebispado governando toda a região da Baviera.
Na Idade Média, Salzburgo se tornou rica pelo comércio com sal da vizinha Dürnberg em Hallein. Até o século XIV, Salzburg tornou-se independente da Baviera e era um estado dentro do Sacro Império Romano. Os cidadãos de Salzburg estavam sob o comando do arcebispo, ao contrário de outras cidades do império. Na era barroca, o visual da cidade de hoje foi moldado. A catedral foi reconstruída no estilo barroco. A maioria dos arquitetos veio da Itália. Em 1622, foi fundada uma universidade. Devido ao fato de ser um estado católico, os protestantes tinham uma posição severa em Salzburgo. No entanto, 1731 Protestantes, que não voltaram à crença católica, deixaram Salzburg em oito dias.
No início do século XIX Napoleão Bonaparte promoveu o Ducado de Salzburgo, que mais tarde fazia parte do Reino da Baviera. Então, Salzburg foi anexada pela Áustria, retornou à Baviera e dividida entre a Baviera e a Áustria. 1918 Salzburg tornou-se um estado federal da nova República da Áustria. Em 1938, a Alemanha anexou a Áustria e Salzburgo era uma parte da Alemanha. Em 1945, quando a Áustria era independente da Alemanha, Salzburgo se tornou novamente um estado federal.
