O nível do mar era muito mais baixo até 8000 anos atrás. O Estreito de Torres não teria sido coberto por água, o que significa que pessoas e animais poderiam caminhar entre a Nova Guiné e a Austrália. Alguns animais e pássaros podem ser encontrados tanto na Nova Guiné quanto em Queensland, como por exemplo, o casulo. Outros animais, como os porcos, chegaram à Nova Guiné depois que o nível do mar subiu e fechou a ponte de terra e não conseguiram chegar à Austrália.
Há evidências de pessoas que vivem nas ilhas do Estreito de Torres há pelo menos 2.500 anos. É provável que as pessoas vivessem lá muito antes disso, mas a elevação do nível do mar terá coberto locais anteriores.
Descoberta europeia
O primeiro europeu conhecido a navegar pelo estreito foi Luis Váez de Torres, um marinheiro espanhol ou português. Ele foi o segundo no comando da expedição espanhola liderada pelo português Pedro Fernandez de Quirós que navegou do Peru para o Pacífico Sul em 1605. Depois que o navio de Quiros voltou ao México, Torres continuou indo para as Molucas e depois para Manila. Ele navegou ao longo da costa sul da Nova Guiné. Ele pode ter visto o Cabo York no continente australiano, mas não há provas para provar isso. Torres escreveu uma carta para o rei espanhol sobre suas descobertas, mas isto foi mantido em segredo até 1762.
Em 1769 o geógrafo escocês Alexander Dalrymple, estava traduzindo cartas espanholas encontradas nas Filipinas em 1762. Ele leu a carta de Luis Váez de Torres sobre uma passagem ao sul da Nova Guiné. Dalrymple escreveu um livro, a Coleção Histórica das Várias Viagens e Descobertas no Oceano Pacífico Sul, em 1770-1771. Este livro causou muito interesse na idéia de um continente desconhecido. Dalrymple deu ao estreito o nome de Torres. Isto levou o Capitão James Cook a fazer outra viagem ao Pacífico Sul. Dalrymple ficou furioso por ter sido o Capitão Cook e não ele quem foi encarregado da expedição que levou, em 1770, à descoberta da costa leste da Austrália. Em 1770, Cook navegou pelo estreito depois de navegar pela costa leste da Austrália. Ele desembarcou na Ilha Possession e reclamou todas as terras da Austrália para a Grã-Bretanha.
Com pessoas como James Cook, William Bligh e Matthew Flinders explorando e fazendo mapas do estreito, muitos outros navios começaram a navegar através dele no seu caminho de Sydney para a Índia ou Ásia. Ainda era difícil para os navios, e muitos ficaram naufragados nos recifes. Uma mulher escocesa, Barbara Thompson, foi a única pessoa salva quando o navio "América" atingiu um recife em 1842. Ela foi salva pelos ilhéus e viveu com eles na ilha Prince of Wales por cinco anos até que outro navio veio para levá-la de volta para Sydney.
Comércio
Houve um importante negócio de pérolas no Estreito desde a década de 1860 até cerca de 1970. O cultivo de pérolas trouxe muitos mergulhadores experientes de muitos países, especialmente do Japão.
Missionários
A Sociedade Missionária de Londres chegou a Erub (Darnley Island) em 1871. Os ilhéus ainda celebram a vinda dos missionários como "A Vinda da Luz", e todos os anos é feriado nas ilhas.
Governo
Embora algumas das ilhas do Estreito de Torres fiquem ao largo da costa da NovaGuiné, elas foram tomadas em 1879 por Queensland, então uma colônia britânica. Em 1978, um acordo entre a Austrália e Papua Nova Guiné definiu a posição correta da fronteira marítima no Estreito de Torres. O Estreito de Torres também tem sua própria bandeira. Ele foi projetado por Bernard Namok da ilha Thursday. Ele tem um fundo de cinco faixas, verde para a terra, azul para o mar e preto para o povo. Tem um grande Dari branco, ou sem cabeça, e uma estrela de cinco pontas para os cinco principais grupos de ilhas. Em 1995, foi oficialmente feita uma bandeira da Austrália.
Segunda Guerra Mundial
Na Segunda Guerra Mundial, a Ilha Horn no Estreito de Torres, 150 km ao norte do Cabo de York, tornou-se a base aérea mais setentrional da Austrália. Em 1940 foram construídas duas grandes pistas de decolagem. Ela foi utilizada por milhares de aeronaves aliadas. Com oito ataques aéreos japoneses em 1942, foi o lugar mais atacado em Queensland. As condições na ilha eram difíceis para os soldados, com comida pobre, água insuficiente, doenças e ataques dos japoneses. O aeroporto ainda funciona como o principal aeroporto do extremo norte de Queensland. Agora é um resort turístico, especialmente conhecido por sua pesca.