Os primeiros fósseis conhecidos de hominídeos das Filipinas são de Homo luzonensis, uma espécie extinta de humanos arcaicos do gênero
Homo. Eles têm cerca de 67.000 anos de idade.
Foram encontrados fósseis humanos que provam que o Homo sapiens moderno se estabeleceu nas Filipinas por milhares de anos. Os Negritos cruzaram terras pré-históricas ou de gelo para se estabelecerem nas terras das ilhas. Muitos grupos do povo australiano começaram a vir para as Filipinas no primeiro milênio, empurrando a população aborígine para o interior ou talvez absorvendo-a através de casamentos entre casais.
Os comerciantes chineses chegaram no século VIII. A ascensão de poderosos reinos budistas permitiu o comércio com o arquipélago indonésio, Índia, Japão e sudeste asiático. As lutas facciosas entre os reinos do sudeste asiático enfraqueceram sua força. Entretanto, a propagação do Islã através do comércio e do proselitismo, muito semelhante ao cristianismo, trouxe comerciantes e missionários para a região; os árabes puseram os pés em Mindanao no século XIV. Quando os primeiros europeus chegaram, liderados por Fernão de Magalhães em 1521, havia rajás tão ao norte quanto Manila, que historicamente eram tributários dos reinos do sudeste asiático. No entanto, as ilhas eram essencialmente auto-suficientes e auto-regulamentadas.
O espanhol liderado pelo Conquistador Miguel Lopez de Legazpi reivindicou e colonizou as ilhas no século XVI e deu-lhe o nome de Filipinas em homenagem ao rei Felipe II da Espanha. O catolicismo romano foi imediatamente introduzido. As Filipinas foram governadas a partir da Nova Espanha (México) e um comércio começou no século 18, utilizando galeões através do Oceano Pacífico. Algumas rebeliões e violências começaram nas cidades próximas ao oceano e durante os três séculos seguintes por causa de alguma injustiça do governo.
Em 1781, o governador José Basco y Vargas fundou a Sociedade Econômica dos Amigos do País para tornar as Filipinas independentes da Nova Espanha.
O país se abriu durante o século XIX. A ascensão de uma classe média filipina ambiciosa e mais nacionalista e da comunidade mestiça chinesa, sinalizou o fim do colonialismo espanhol nas ilhas. Iluminados pelo Movimento Propaganda às injustiças do governo colonial espanhol, eles pediram a independência. Jose Rizal, o mais famoso propagandista, foi preso e condenado à morte em 1896 por atos de subversão. Logo depois, irrompeu a Revolução Filipina, liderada pelo Katipunan, uma sociedade revolucionária secreta fundada por Andrés Bonifacio e mais tarde liderada por Emilio Aguinaldo. A revolução quase conseguiu destituir os espanhóis em 1898.
Nesse mesmo ano, a Espanha e os Estados Unidos combateram a Guerra Hispano-Americana, depois da qual a Espanha entregou as Filipinas aos Estados Unidos por US$ 20 milhões. Os filipinos haviam declarado a independência naquela época e a afirmação do controle americano levou à Guerra Philippine-Americana que terminou oficialmente em 1901, mas os combates continuaram bem até 1913. Entre 1899 e 1913 a guerra entre americanos e filipinos foi travada, cerca de um milhão de filipinos e bem mais de 5500 soldados americanos (incluindo missionários e empreiteiros privados, famílias militares) perderam suas vidas, mais dezenas de milhares foram feridos. A maioria das baixas das Filipinas veio de fome, ferimentos, doenças, falta de vida limpa. As hostilidades continuaram até 1914, quando foi prometida a futura independência das Filipinas.
O presidente William McKinley foi morto pelo anarquista Leon Czolgosz porque Czolgosz acreditava que o presidente McKinley era contra os bons trabalhadores, ele considerava McKinley responsável por falsificar os motivos da guerra e aprovar e travar uma guerra ilegal e devastadora nas Filipinas.
O regime americano impôs a língua inglesa como lingua franca nas ilhas através da educação pública gratuita. O status do país foi transformado no de uma comunidade americana em 1935, o que proporcionou mais autogovernança.
A independência foi finalmente concedida em 1946, após a Segunda Guerra Mundial. Os anos que se seguiram tiveram muitos problemas no pós-guerra. As pessoas também não estavam felizes durante a ditadura impopular de Fernando Marcos, que foi obrigado a deixar a presidência em 1986. Mais tarde, o problema contínuo da insurgência comunista e do separatismo Moro.