Em 1961, Honecker foi o responsável pela construção do Muro de Berlim. Em 1971, ele iniciou uma luta de poder político. Os soviéticos o apoiaram, então Honecker tornou-se o novo líder, ou Secretário Geral, do Partido da Unidade Socialista, em substituição a Walter Ulbricht. Em 1976, ele também se tornou Presidente do Conselho de Estado (Staatsratsvorsitzender).
Sob Honecker houve uma grande melhoria no padrão de vida, embora a RDA tivesse o mais alto padrão de vida dos países do bloco oriental. Mais bens de consumo foram disponibilizados e a construção de novas casas foi acelerada.
Embora Honecker fosse mais cuidadoso com o povo sobre bens e moradia, ele não permitia críticas ao governo. A maneira mais óbvia de mostrar isso foi o Muro de Berlim. Cerca de 125 cidadãos da Alemanha Oriental foram mortos durante este período enquanto tentavam atravessar a fronteira para Berlim Ocidental.
Nas relações exteriores, Honecker jamais permitiria uma Alemanha unificada. Ele era muito leal à URSS, mas aceitou o desanuviamento (isto é, tornando-se mais amigo dos países ocidentais). Sob seu governo, a Alemanha Oriental até se tornou mais amistosa com a Alemanha Ocidental. Em setembro de 1987, ele se tornou o primeiro chefe de estado da Alemanha Oriental a visitar a Alemanha Ocidental.
No final dos anos 80, o líder soviético Mikhail Gorbachev introduziu a glasnost e a perestroika, reformas para liberalizar o comunismo. Honecker e o governo da Alemanha Oriental, no entanto, recusaram-se a implementar reformas semelhantes no DDR. À medida que o movimento de reforma se espalhou pela Europa Central e Oriental, houve manifestações contra o governo da Alemanha Oriental. As maiores foram as manifestações de segunda-feira de 1989 na cidade de Leipzig. Os outros líderes do DDR decidiram se livrar de Honecker, e o forçaram a renunciar em 18 de outubro de 1989. Egon Krenz assumiu o cargo.