Presidentes da Coréia do Sul
No final da 2ª Guerra Mundial, Rhee retornou a Seul. Isto foi antes dos outros líderes da independência, já que ele era o único bem conhecido dos Aliados. Em 1945, ele foi escolhido como chefe de um governo provisório (de curto prazo). Com o acordo tácito das autoridades de ocupação, Rhee conduziu uma série de ações para "remover o comunismo". Este era na verdade um plano oculto para remover toda possível oposição a ele.
Rhee foi eleito o primeiro presidente da Coréia do Sul em 10 de maio de 1948 por uma votação parlamentar. Ele derrotou Kim Koo, o último presidente do Governo Provisório, por 180 votos a 16. Todos os partidos de esquerda se recusaram a participar da eleição. Em 15 de agosto de 1948, ele assumiu formalmente o poder militar dos EUA e se tornou o poder legal sobre o povo coreano.
Como presidente, Rhee assumiu poderes ditatoriais mesmo antes do início da Guerra da Coréia, em 1950. Ele permitiu que a força de segurança interna (liderada por seu braço direito, Kim Chang-ryong) colocasse pessoas na prisão e as torturasse, caso se pensasse que fossem comunistas ou agentes norte-coreanos. Seu governo também dirigiu vários massacres, sendo o mais famoso na ilha de Jeju. Isto foi depois de uma revolta de grupos de esquerda. Embora os massacres tenham ocorrido sob governos que vieram depois de Rhee, não houve tantos e menos espalhados. []
Guerra da Coréia
Rhee se tornou impopular ao dizer ao povo de Seul para permanecer na cidade quando a Guerra da Coréia começou. Ele já tinha partido. Sua decisão de cortar as pontes do rio Han impediu que milhares de pessoas escapassem dos comunistas. As forças da ONU e da Coréia do Sul ripostaram e conduziram os norte-coreanos em direção ao rio Yalu. Após um contra-ataque chinês, a ONU e os sul-coreanos foram empurrados de volta para a atual DMZ. Rhee tornou-se impopular com os EUA e a ONU por se recusar a concordar com uma série de planos de paz que teriam deixado a Coréia dividida. Ele queria se tornar o líder de uma Coréia unida com a assistência da ONU. Ele tentou impedir qualquer plano de paz que não removesse completamente o governo do norte. Ele também defendeu uma ação militar mais forte a ser usada contra a China. Ele ficou aborrecido porque os EUA não bombardeariam a China.
Em 18 de janeiro de 1952, Rhee declarou o domínio sul-coreano sobre as águas ao redor da península coreana. Esta era uma idéia igual à das zonas econômicas exclusivas de hoje. A nova fronteira, que Rhee chamou de "Linha da Paz", incluía a Ilha Tsushima e as ilhas desabitadas chamadas Dokdo. Isto levou a protestos do governo japonês. Eles afirmaram que as ilhas eram território japonês. Seguiram-se confrontos menores, mas as ilhas estão sob a administração sul-coreana desde então.
Ao longo de seu governo, Rhee tomou medidas extras para manter seu controle sobre o governo. Em maio de 1952, Rhee fez passar por mudanças constitucionais que tornaram a presidência uma posição diretamente eleita. Para que isto fosse aprovado pelo parlamento, ele declarou a lei marcial. Ele prendeu os membros do parlamento que ele pensava que votariam contra ela. Rhee foi logo eleito por uma grande maioria. Ele recuperou o controle do parlamento nas eleições de 1954. Ele fez aprovar uma emenda para se isentar do limite de oito anos para os presidentes.
As chances de reeleição de Rhee durante a campanha presidencial de 1956 pareciam pequenas. As pessoas não achavam que ele deveria ter permissão para ser presidente três vezes. O principal candidato da oposição, Shin Ik-hee, atraiu grandes multidões durante sua campanha. A morte repentina de Shin durante a campanha, no entanto, permitiu que Rhee ganhasse a presidência com facilidade. O segundo colocado dessa eleição, Cho Bong-am, do Partido Progressista, foi mais tarde acusado de espionagem e executado em 1959.
Resignação
Em 1960, Rhee já havia cumprido três mandatos no cargo. Sua próxima vitória foi certa após a morte do principal candidato da oposição, Cho Byeong-ok, pouco antes das eleições de 15 de março. Rhee venceu com 90% dos votos. A verdadeira disputa estava na corrida para vice presidente. Isto foi realizado separadamente sob a lei da época. Yi Gi-bung, que Rhee pensou que deveria assumir depois dele, foi declarado o vencedor de uma eleição que a oposição alegou ter sido manipulada. Isto criou raiva entre os grupos do povo coreano. Um movimento de 19 de abril liderado por estudantes forçou Rhee a renunciar em 26 de abril.
Em 28 de abril, um DC-4 pertencente à CIA operou o Transporte Aéreo Civil retirou Rhee da Coréia do Sul. Isto foi para resgatá-lo das multidões enfurecidas. Kim Yong Kap, Vice-Ministro de Finanças de Rhee, revelou que o Presidente Rhee tinha tomado US$ 20 milhões em dinheiro do governo para si mesmo. Rhee, sua esposa nascida na Áustria, Francisca Donner, e filho adotivo, viveu no exílio em Honolulu, no Havaí. Em 19 de julho de 1965, Rhee morreu de um derrame cerebral. Seu corpo foi devolvido a Seul e enterrado no Cemitério Nacional em 27 de julho de 1965.