Everton começou em 1878 com o nome de St Domingo's FC. No início era apenas para pessoas que iam à igreja de São Domingos, mas tantas pessoas estavam interessadas que também deixavam entrar pessoas da área local. Um ano depois, o clube foi renomeado Everton Football Club, depois da área. A primeira partida do Everton Football Club foi contra um time chamado St Peter's em 1879. O Everton venceu por 6-0.
Everton entrou na Copa FA na temporada 1886/87. Eles foram derrotados por 1x0 pelo Rangers na primeira rodada. À medida que o futebol se tornou cada vez mais popular na Inglaterra, os clubes perceberam que precisavam de um campeonato organizado. Em 1888, foi fundada a Liga de Futebol. Everton era um dos 12 membros fundadores. Preston North End venceu as duas primeiras ligas e Everton venceu a terceira em 1891. Eles ganharam seu segundo troféu de sempre, a FA Cup, em 1905, mas não ganharam outro até 1916. Foi somente em 1927 que o Everton teve seu primeiro período de longo sucesso. Em 1925 eles assinaram com Dixie Dean e em 1927 ele marcou 60 gols em 39 jogos, estabelecendo um novo recorde mundial e levando o Everton a outro título do campeonato. O Everton foi rebaixado para a segunda divisão em 1930/1931. Em um ano eles foram promovidos novamente, e o clube não foi rebaixado novamente desde então, exceto em 1950/51 (o que resultou em três temporadas na segunda divisão). Isto faz deles o time de futebol inglês com as temporadas mais consecutivas na primeira divisão do futebol inglês, com exceção do Arsenal, que está continuamente na primeira divisão desde 1919/20.
O segundo período de sucesso da Everton veio depois de 1961, quando Harry Catterick foi nomeado gerente. Com Catterick no comando, a Everton ganhou dois títulos da liga e quatro copas entre 1961 e 1970. Este sucesso não durou, no entanto, e após três anos de baixa liga, Catterick deixou seu emprego. O clube terminou em posições intermediárias durante o resto dos anos 70 com uma linha de gerentes mal sucedidos. Em 1981, o clube nomeou Howard Kendall para ser o novo gerente. Ele virou o Everton e acabou se tornando o gerente mais bem sucedido da história do clube, ganhando dois títulos da liga e três copas entre 1981 e 1987. Esta era também trouxe o primeiro e único título europeu do Everton, a Copa dos Vencedores da Copa, em 1985. Eles venceram a final por 3-1 contra o Rapid Vienna da Áustria. A semifinal viu o Everton vencer o campeão alemão Bayern de Munique por 3-1, uma partida eleita a maior de todos os tempos no Goodison Park.
Em 1985 vários torcedores do Liverpool e da Juventus morreram quando a multidão começou a lutar em um estádio em Heysel, Bélgica. A UEFA decidiu que os torcedores do Liverpool eram os principais culpados. Por causa disto, todos os clubes ingleses não puderam jogar contra times europeus até 1991. Isto negou ao Everton a chance de defender seu título europeu e o time gradualmente se separou, vendendo muitos de seus melhores jogadores a outros clubes europeus. O clube não se saiu muito bem no início dos anos 90, quase sendo rebaixado duas vezes e passando por muitos problemas de dinheiro. Entretanto, eles ainda se tornaram um dos primeiros membros da nova Premier League inglesa quando ela começou, em 1992. Eles tiveram bastante sucesso sob o comando do gerente Joe Royle, que assumiu em 1994. Em sua segunda temporada no comando, ele manteve o Everton longe do rebaixamento e ganhou a taça FA, o primeiro troféu do clube em sete anos. O clube teve uma melhora constante sob o comando de Royle, terminando em 6º e 7º lugar nas temporadas de 1996 e 1997.
Após duas temporadas, no entanto, o desempenho do clube piorou e Kendall foi demitido após mal ter evitado o rebaixamento na temporada 1998-99. O ex-jogador Walter Smith assumiu o cargo por três temporadas, mas não teve um bom desempenho. Ele gastou muito dinheiro, mas não levou o time a boas posições no campeonato. David Moyes assumiu o cargo em 2002 e tem sido um dos dirigentes mais bem-sucedidos do clube até hoje. Sob sua gestão, o clube se tornou um dos 10 melhores times do mundo, terminando em 4o lugar em 2005, seu maior final de sempre na Premier League. O 4º lugar significou a classificação para a próxima temporada da Liga dos Campeões da UEFA. Ele deixou o time em 2013, após 11 anos.
Sob sua administração Wayne Rooney foi trazido para a primeira equipe e foi rapidamente vendido ao Manchester United por £28 milhões, uma taxa recorde do clube. Desde 2005, o Everton tem desfrutado das 8 primeiras colocações regulares e chegou às últimas 16 da Copa da UEFA em 2007 e foi vice-campeão na final da FA Cup 2009. Moyes também bateu o recorde de transferência novamente em 2008 com a assinatura de Marouane Fellaini.
No final da temporada 2012-13, Moyes deixou o clube para o Manchester United. Ele foi substituído por Roberto Martínez. Ele levou o Everton às semifinais da Copa EFL e da FA Cup em 2015-16. Ele foi demitido com dois jogos restantes na temporada, devido ao fraco desempenho.
Ele foi substituído no verão de 2016 por Ronald Koeman. Em sua primeira temporada no clube, ele os conduziu à fase de grupos da Liga Europa, após terminar em 7º lugar na temporada anterior da Premier League. Ele foi demitido na temporada seguinte, após deixar o clube na zona de rebaixamento.
