Em 24 de julho de 1844, após a independência dominicana, o governo criou cinco departamentos (outro nome para província); um desses departamentos era o Departamento de El Seibo, com os municípios de El Seibo, Hato Mayor, Higüey e Samaná. A primeira constituição dominicana manteve essa divisão, mas como províncias ao invés de departamentos.
A província original tinha toda a parte oriental da Hispaniola, incluindo a península de Samaná. Mas logo a província foi reduzida para fazer novas províncias. As duas primeiras novas províncias feitas com terras da província de El Seibo foram Samaná em 1865, e San Pedro de Macorís em 1882.
Em 1961, a antiga província de La Altagracia, que mais tarde foi dividida nas províncias de La Altagracia e La Romana, foi feita a partir da província de El Seibo. A última província feita com parte de El Seibo foi Hato Mayor, em 1984.
O povo desta província participou da guerra contra o Haiti durante a Guerra da Independência; o líder era Pedro Santana, que tinha uma fazenda perto da cidade de El Seibo e que se tornou o primeiro presidente do país.
Antes disso, o povo de El Seibo lutou contra o exército francês. A batalha mais importante foi a batalha de Palo Hincado ganha pelo povo dominicano em 7 de novembro de 1808, em uma savana (Palo Hincado Savanna) ao leste de Santa Cruz del Seibo. Logo os franceses tiveram que deixar o país, e toda a ilha; eles também haviam perdido o Haiti.
Os distritos municipais da província foram criados em:
- 1997 : Pedro Sánchez
- 2001 : El Cedro
- 2005 : La Gina
- 2006 : San Francisco-Vicentillo e Santa Lucía