Grande parte da população do Estado independente da Croácia não era croata, principalmente por causa da inclusão da Bósnia. Ela tinha populações significativas de sérvios (cerca de 19% da população da Croácia na época, mais de 30% da população de NDH), muçulmanos bósnios (o maior grupo populacional da Bósnia na época, e mais de 10% da população de NDH), alemães, húngaros e outros. Os católicos (principalmente croatas, alemães e magiares) constituíam pouco mais de 50% da população de 6,3 milhões de habitantes. Mile Budak, político e ministro da NDH - também escritor croata - aproveitou imediatamente a oportunidade para proclamar os muçulmanos como "irmãos" e quis forçá-los a se converterem ao cristianismo. Muitos croatas concordam com a idéia de que a maioria dos muçulmanos bósnios são na verdade croatas que foram convertidos ao islamismo durante a invasão dos turcos no século XV.
Muitos muçulmanos bósnios aceitaram o NDH (em muitos casos foram forçados a aceitá-lo sob a pena de converter-se ao cristianismo ou ser executado) e imediatamente se envolveram. A mais infame das divisões islâmicas Ustase foi a 13ª Divisão de Waffen Mountain do SS Handschar. Em relação aos soldados de fé muçulmana, foi construída uma mesquita em Zagreb - a capital da Croácia - conhecida como "Poglavnikova dzamija" ou Mesquita de Poglavnik. Apesar das garantias de igualdade com os croatas no site Pavelić, muitos muçulmanos rapidamente ficaram insatisfeitos com o domínio croata. Um líder muçulmano relatou que nenhum muçulmano ocupava um posto influente na administração. Eclodiram lutas ferozes entre os ustaños, chetniks e partidários iugoslavos no território da NDH. Algumas unidades das milícias ustaçulmanas se convenceram de que os muçulmanos eram simpatizantes comunistas e queimaram suas aldeias e assassinaram muitos civis.
O Ustase promulgou quase imediatamente leis raciais que refletiam a aceitação da ideologia da Alemanha nazista e da Itália fascista, com ênfase nas questões nacionais croatas.
A primeira "Ordem legal para a defesa do povo e do Estado", datada de 17 de abril de 1941, ordenou a pena de morte por "violação da honra e dos interesses vitais do povo croata e da sobrevivência do Estado Independente da Croácia". Logo foi seguida pela "Ordem legal das raças" e a "Ordem legal da proteção do sangue ariano e da honra do povo croata", datada de 30 de abril de 1941, assim como a "Ordem da criação e definição do comitê político-racial" datada de 4 de junho de 1941. A aplicação destes atos legais foi feita não somente através de tribunais normais, mas também através de novos tribunais fora de ordem, bem como tribunais marciais móveis com jurisdições estendidas.
As prisões normais não poderiam mais sustentar o índice de novos detentos e o governo Ustaša começou a preparar o terreno que se tornaria o campo de concentração de Jasenovac até julho de 1941. O regime acabaria por formar campos de concentração em onze locais diferentes.
O Ustaše começou a conduzir uma campanha deliberada de assassinato em massa, deportação e conversão religiosa forçada em uma tentativa de remover os sérvios. Os judeus e ciganos foram expostos à aniquilação total, ou seja, à campanha de assassinato em massa e, em menor parte, à deportação.
O campo de concentração de Jasenovac se tornaria o local de assassinato de até cem mil pessoas (alguns estimam que este campo foi o terceiro maior da Segunda Guerra Mundial). A contagem geral de mortos de Ustase é estimada em cerca de 600.000 pessoas, mas todos os registros escritos foram destruídos para encobri-lo.
O estado de terror permanente, a matança em massa, o estupro de mulheres e o saque das propriedades de suas vítimas no Estado independente da Croácia forçaram, principalmente, os sérvios a se rebelarem. De acordo com os relatórios de Glaise von Horstenau, Hitler ficou furioso com Pavelić, cuja política inflamou a rebelião na Croácia - pelo qual Hitler perdeu a capacidade de engajar as forças do Estado Independente da Croácia na Frente Oriental. Além disso, Hitler foi forçado a engajar suas forças para reprimir a rebelião. Por essa razão, Hitler convocou Pavelić para suas sedes de guerra em Vinica (Ucrânia) em 23 de setembro de 1942. Consequentemente, Pavelić substituiu seu ministro das Forças Armadas, Slavko Kvaternik, pelo menos zeloso Jure Francetić. Antes de se encontrar com Hitler, para apaziguar o público, Pavelić publicou o "Anúncio Importante do Governo" ("Vaizna obavijest Vlade") no qual ele ameaçou aqueles que estavam espalhando a notícia "sobre ameaças inexistentes de desarmamento das unidades de Ustashe por representantes de uma potência estrangeira, sobre a substituição do Exército croata por um exército estrangeiro, sobre a possibilidade de uma potência estrangeira tomar o poder na Croácia ...". (Hrvatski narod, 3 de setembro de 1942).
Hans Helm, o chefe nomeado da Gestapo para o Estado independente da Croácia, em seu relatório confidencial - (sob o título "Base do perigo partidário" - enviado ao General Kasche) de 14 de janeiro de 1943, escreveu: "A maioria das fileiras partidárias vêm dos sérvios - devido ao fato de que eles são a forma mais vil de perseguição.... o novo regime na Croácia iniciou os programas de aniquilação e destruição dos sérvios, que (os programas) são publicamente apoiados pelas mais altas patentes do governo croata, e (os programas) adotados como o principal objetivo do governo. O fato de que uma conversa diferente vinha do lado oficial de Ustashe - sob a pressão da rebelião e devido ao curso dos acontecimentos - até mesmo uma reconciliação foi mencionada - não deixa nenhuma possibilidade de compensar os danos causados, por exemplo, pelo Dr. Mile Budak, o atual ministro (croata) em Berlim...". O general Horstenau nomeado escreveu em seu relatório: "O movimento Ustashe está, devido aos erros e atrocidades cometidos e à corrupção, tão comprometido que o poder executivo do governo (o homeguard e a polícia) deve ser separado do governo - mesmo pelo preço de quebrar qualquer possível conexão com o governo ...".
