O comércio entre as pessoas da região de Mogadíscio com outras áreas ao longo da costa do Mar da Somália na África começou já no século I. Comerciantes muçulmanos da Península Arábica vieram para a região durante o século 10. Por causa do comércio com eles, o islamismo se espalhou pela Somália. Os portugueses tentaram tomar o controle da cidade, mas falharam. Em 1871 Barghash bin Said, o sultão de Zanzibar, controlou a cidade.
Em 1892, Ali bin Said deixou a Itália usar a cidade. A Itália comprou a cidade em 1905. Eles fizeram de Mogadíscio (italiano para Mogadíscio) a capital da Somalilândia italiana. Os italianos assumiram o controle da área ao redor da cidade em 1919, após uma pequena resistência. Mogadiscio italiana de uma pequena aldeia de 1.000 habitantes na década de 1890 para uma capital moderna em 1940 de quase 100.000 pessoas (das quais mais de 1/3 eram italianos), que ficou atrás apenas de Asmara na Eritréia para desenvolvimento dentro do Império Italiano.
As forças britânicas que estiveram no Quênia durante a Segunda Guerra Mundial capturaram Mogadíscio em 26 de fevereiro de 1941. Os britânicos governaram até que deram à Itália o controle da cidade novamente em 1952. A Somália tornou-se independente em 1960 com Mogadíscio como sua capital.
As forças rebeldes entraram e tomaram a cidade em 1990. Obrigaram o presidente Mohamed Siad Barre a renunciar e deixar o país em janeiro de 1991. Ele foi para Lagos, Nigéria. Alguns dos rebeldes disseram que Ali Mahdi Muhammad era o novo presidente. Outros disseram que Mohamed Farrah Aidid era o presidente. Um grupo de fuzileiros norte-americanos desembarcou perto de Mogadíscio em 9 de dezembro de 1992. Eles foram a primeira parte das forças de manutenção da paz das Nações Unidas durante a Operação Restaurar a Esperança para ir para o país.