Um enterótipo é uma classificação da flora intestinal. Ele se baseia no ecossistema do sistema intestinal humano. A classificação é feita através da identificação das bactérias e protists que vivem lá. Isto é chamado de "bioma intestinal humano".

As pesquisas mostram que existem três ecossistemas distintos nas entranhas das pessoas. As pessoas podem ser classificadas em um dos três grupos com base nas bactérias em seus intestinos. O enterótipo de cada pessoa é definido enquanto a pessoa é uma criança.

O enterótipo afeta o quão bem uma pessoa pode digerir alimentos ou absorver drogas. Os chimpanzés têm enterótipos que se parecem com os enterótipos humanos.

O Tipo 1 tem altos níveis de Bacteroides. As Prevotella são comuns no Tipo 2. O Tipo 3 tem altos níveis de Ruminococcus.