O microbioma humano (ou microbiota humana) é a coleção de microorganismos que vivem sobre nós. Eles vivem sobre a pele, na saliva e na boca, nos olhos, no intestino e no restante do trato gastrointestinal. Eles incluem bactérias, arcaias, fungos e eucariotas unicelulares ("protozoários"). Todos transportam muito mais destes micróbios do que o número de células humanas no corpo. O corpo humano tem cerca de 100 trilhões de células e carrega cerca de dez vezes mais microorganismos somente no intestino.
O microbioma é "a comunidade ecológica de microrganismos comensal, simbiótico e patogênico que literalmente compartilham nosso espaço corporal". O termo foi originalmente cunhado por Joshua Lederberg. Ele achava que os microorganismos que vivem no corpo humano em saúde e doença eram importantes. Muitos artigos científicos distinguem "microbioma" e "microbiota" para descrever ou os genomas coletivos dos microorganismos que vivem em um nicho ambiental ou os próprios microorganismos, respectivamente. Entretanto, pelas definições originais, estes termos são em grande parte sinônimos.
Alguns desses organismos são úteis para os seres humanos. Entretanto, a maioria não tem nenhum efeito conhecido. Eles são apenas simbiontes: eles vivem conosco. Os que se espera que estejam presentes são membros da flora normal. Em circunstâncias normais, eles não causam doenças, mas podem até mesmo ajudar nossa saúde. Estudos realizados em 2009 perguntaram se nossa saúde seria prejudicada se reduzíssemos esta biota. Este é certamente o caso da flora intestinal.
Embora "flora" se refira a plantas e não a bactérias, o termo "flora intestinal" é amplamente utilizado e familiar aos biólogos. Biota' refere-se à coleção total de organismos em um ecossistema. O termo "microbiota" é melhor para bactérias e outros microorganismos, mas sem dúvida a "flora" será freqüentemente utilizada.
Os micróbios em discussão são geralmente não patogênicos (não causam doenças a menos que cresçam anormalmente); eles existem em harmonia e simbioticamente com seus hospedeiros.
Os pesquisadores descobriram que grande parte da população de micróbios encontrados no corpo humano não são bactérias, mas uma classe muito antiga de organismos unicelulares chamada arquebactérias. Eles incluem metanogênicos que produzem metano e podem causar flatulência.
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