Epistasia é a interação entre genes em diferentes loci. Foi um termo inventado por William Bateson em 1909.
Quando Gregor Mendel fez suas experiências com a ervilha doce, ele escolheu sete características, tais como ervilhas redondas versus enrugadas, e plantas altas versus plantas curtas. Ele descobriu que as plantas tinham pares de 'fatores' (genes) que controlavam sua aparência (fenótipo). Entretanto, um par de fatores nunca afetou os outros pares. Mas com epistasia, a ação de um gene afeta outro gene, mesmo um em um cromossomo diferente.
O uso do termo tem variado um pouco. Seu significado original era bastante estreito: por exemplo, um gene para nenhuma asa em Drosophila irá obviamente mascarar genes para qualquer outro aspecto das asas. Em geral, porém, epistasia denota qualquer desvio da independência dos efeitos dos diferentes loci genéticos.