O melhor exemplo de mudanças epigenéticas em eucariotas é o processo de diferenciação celular. Durante a morfogênese, as células-tronco generalizadas tornam-se as linhas celulares do embrião que, por sua vez, se tornam células totalmente diferenciadas. Em outras palavras, um único óvulo fertilizado - o zigoto - se divide e se transforma em todos os muitos tipos de células: neurônios, células musculares, epitélio, vasos sanguíneos, etc.
Conforme o embrião se desenvolve, alguns genes são ligados, enquanto outros são desligados ou moderados. Este processo é chamado de regulação gênica. Há muitas moléculas dentro do núcleo celular que fazem o trabalho de ajustar a saída dos genes.
O DNA e as histórias compõem o que é chamado de cromatina. As modificações epigenéticas da cromatina são copiadas durante a divisão celular. Isto produz uma linha de células, que são todas iguais. Isto é chamado de tecido.
A meiose cancela as mudanças epigenéticas e restabelece o genoma a seu estado inicial, de modo que o processo se desdobra em cada nova geração. Há algumas exceções a esta regra, mas nenhuma destas exceções envolve mudanças nas seqüências de pares de base de DNA.
Este processo é diferente das mutações do DNA. Mutações genéticas mudam a seqüência primária do DNA, e as mutações podem acontecer em qualquer célula. Entretanto, apenas as mutações em células envolvidas na reprodução podem afetar a descendência.
