A teoria alemã das doenças é uma teoria em biologia. Ela diz que pequenos organismos (chamados germes), também conhecidos como micróbios, causam doenças. A maioria, mas não todas as doenças, são doenças infecciosas. A teoria dos germes afirma que os pequenos organismos causam uma reação no corpo daqueles que estão infectados. A reação do corpo à infecção é chamada de doença.

Muitos cientistas e médicos da história descobriram que as doenças são causadas por organismos microscópicos. Mesmo depois que o microscópio foi inventado, as pessoas ainda não sabiam que os germes causavam doenças. As pessoas acreditavam há muito tempo que o "ar ruim" dos lixões fedorentos e da carne em decomposição era a causa das doenças. Assim, as pessoas pensavam que cobrir a boca e o nariz com um pano ajudaria a filtrar o "ar ruim". Cientistas e médicos usavam alho e perfumes para afastar o ar ruim. Mas as pessoas ainda adoeciam e até morriam, então esta teoria estava errada. O ar poluído não é a causa de doenças.

Um problema com as antigas teorias da doença era que as pessoas acreditavam que os seres vivos eram gerados espontaneamente. A geração espontânea é quando algo como uma mosca cresce de uma pequena mancha de carne malcheirosa. Essa velha teoria é chamada de abiogênese. No século XVII, Francesco Redi (18 de fevereiro de 1626 - 1º de março de 1697) descobriu que as moscas põem ovos que se transformam em larvas. Antes disso, as pessoas pensavam que as larvas vinham de carne em putrefação. Ele descobriu isto selando alguma carne em um frasco e observando-a. Não foram encontradas larvas na carne selada. Ele também colocou um pouco de carne em um frasco e a cobriu com gaze. Foram encontradas larvas na gaze, mas não dentro do frasco. Mas quando ele colocou a carne em um frasco aberto, foram encontradas larvas na carne e dentro do frasco. Experiências como esta provaram que as larvas vêm de moscas que põem ovos, não de carne em putrefação. Mais tarde, cientistas provariam que as doenças não vinham do ar. As doenças são disseminadas por infecção.